第05章 蛋白质的三维结构.ppt

蛋白质三维结构 研究蛋白质结晶体： （一）X射线衍射法 紫外差光谱 荧光和荧光偏振 圆二色性 核磁共振 1、影响蛋白质三维结构的因素 内力（内因） 蛋白质分子内各原子间作用力 外力（外因） 与溶剂及其他溶质作用力 2、蛋白质分子内部的作用力 肽键、二硫键——一级结构 氢键、疏水作用、范德华力、离子键、二硫键——三维结构 （１)氢键( Hydrogen bond ) 两负电性原子对氢原子的静电引力所形成 X—H…Y 质子给予体X-H和质子接受体Y间相互作用 氢键具有： 方向性-（键角）指X—H与H…Y间的夹角 饱和性- X—H只与一个Y结合 回顾与复习----氢键 氢键是分子间作用力(范德华力)的一种，是一种永久偶极之间的作用力，氢键发生在已经以共价键与其它原子键合的氢原子与另一个原子之间（X-H…Y），通常发生氢键作用的氢原子两边的原子（X、Y）都是电负性较强的原子。氢键既可以是分子间氢键，也可以是分子内的。其键能最大约为200kJ/mol，一般为5-30kJ/mol，比一般的共价键、离子键和金属键键能要小，但强于静电引力。 氢键对于生物高分子具有尤其重要的意义，它是蛋白质和核酸的二、三和四级结构得以稳定的部分原因。 （２)范德华力 (van der Waals force ) （３）疏水作用 ( Hydrophobic Interactions) 非极性侧链为避开极性溶剂水彼此靠近所产生 主要存在蛋白质的内部结构 蛋白质表面通常具有极性链或区域 蛋白质可形成分子内疏水链/腔/缝隙 ——稳定生物大分子的高级结构 （４)离子键 ( Electrostatic attraction ) 又称盐键：具有相反电荷的两个基团间的库仑作用。 （5）二硫键 (Disulfide Bond) 由含硫氨基酸形成 起稳定肽链空间结构的作用 二硫键被破坏，蛋白质生物活性丧失 （6）配位键 (Metal-ion Coordination) 两个原子之间形成的共价键 共用电子对由其中一个原子提供 金属离子与蛋白质的结合方式 例如：铁氧还蛋白 （7）酯键 (Ester Bond) Ser/Thr的羟基与AA的羧基形成酯键 磷酸与含羟基AA缩合形成磷酸酯键 （一）酰胺平面与α－碳原子的二面角 多肽链：通过可旋转的Cα连接的酰胺平面链 这种旋转是受到限制的 （二）可允许的φ和ψ值： 拉氏构象图 四、二级结构（Secondary Structure） 指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。 只涉及主链构象及链内/间形成的氢键 主要有?-螺旋、 ?-折叠、?-转角、无规卷曲、?-螺旋、?环等。 螺距0.54nm 每圈含3.6个AA残基 每个AA残基占0.15nm 绕轴旋转100° 链内形成氢键与轴平行 多为右手螺旋 2 、?-螺旋的特点 （1）又称3.613－螺旋 （2）α螺旋的偶极矩：由于每一肽键 N-H和C＝O的极性而产生 2 、?-螺旋的特点 （3）α螺旋的手性 左/右手螺旋都由L-AA残基构成 ——不是对映体 右手α螺旋空间位阻较小，构象稳定在肽链折叠中容易形成。 ①R基大小：较大的难形成，如多聚Ile ②R基的电荷性质：不带电荷易形成 ③ Pro吡咯环的形成 C? -N /C -N不能旋转 无法形成链内氢键 310－螺旋 π螺旋（4.416－螺旋） 由两/多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成。 肽链主链呈锯齿状折叠构象。 C?总是处于折叠的角上 AA的R基团处于折叠的棱角上并与之垂直 两个AA之间的轴心距为0.35nm 氢键主要在链间/同一肽链不同部分间形成 几乎所有肽键都参与链内氢键的交联 氢键与链的长轴接近垂直 平行肽链间以氢键从侧面连接的构象 平行式：所有肽链的N-端都在同一边 反平行式：相邻两条肽链的方向相反 肽链主链骨架180°的回折结构 特点： 由4个连续的AA残基组成 第一个残基C=O 第四个残基NH O ……（ 氢 键 ）……… H —C—（NH—CH—CO）2—N— R 比较稳定的环状结构 五、纤维状蛋白质 纤维蛋白 （一）?-角蛋白 （Keratin） ?-角蛋白 毛发的结构 卷发(烫发)的生物化学基础 ?角蛋白在湿热条件下伸展转变为?—构象， 冷却干燥时可自发地恢复原状。 侧链R基一般较大，不适于处在?—构象 螺旋多肽链间有着很多的二硫键交