高通量测序服务简介2.pptVIP

高通量测序服务与数据分析服务简介 高通量测序简介 高通量测序技术（第二代或下一代测序技术，next generation sequencing) 是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在研究中又被称为深度测序(deep sequencing) 。 基于illumina的solexa与罗氏454的高通量测序平台，欣景生物可提供不同物种样本的各种类型的二代测序服务。根据样本RNA或者DNA的不同应用可分为表达组测序、microRNA测序、基因组测序等。 高通量测序数据分析简介 随着第二代测序技术的广泛应用，海量数据不断产生，包括大量的各类测序结果，需要凭借专业的人员和方法对数据进行各种分析和统计，才能得到有效的所需信息。 基于超级计算机、雄厚的生物信息学分析经验与实力，欣景生物建立了成熟的高通量测序数据的分析流程，有着经验丰富的生物信息学分析人员，可提供针对各类二代测序数据的深层数据分析服务。 高通量测序服务适用范围 mRNA或miRNA的表达组研究 进行高水准研究的医院、科研机构，涉及疾病样本、动物样本、农业样本、微生物样本的表达组研究。 新物种测序或已测序物种的重测序 开展基因组学研究的科研机构，或对特殊物种（农业经济作物，如烟草、葡萄等；有价值的微生物，如致病菌、垃圾处理菌、农业土壤改良菌、工业工程菌株等）进行基因组研究的机构，包括一些发酵相关企业。 疾病相关或表型相关的人类基因组重测序 如华大之前做的炎黄计划，以及最近国际在进行的肿瘤基因组计划等，一般是有较大科研经费实力的机构。 高通量测序数据分析服务适用范围 已进行高通量测序实验的机构，后续需要对所获得的数据展开各种不同应用的研究。如基因组数据挖掘、表达组的cSNP寻找、基因组的拼接与补洞、miRNA的不同样本的表达差异分析等等。 一般的二代测序服务公司没有相应深度分析的能力，而实验室很难独立展开深度分析的工作，可以采用合作科研或纯服务委托形式。 我们提供的测序服务内容（细致展开） 表达组测序: 特定组织或者细胞中的mRNA经分离后制备成片段化的cDNA文库，通过solexa测序仪对cDNA文库高通量测序，从而获得一个细胞或生物个体的全转录组信息。 miRNA测序 : 可对细胞或者组织中的全部Small RNA进行深度测序及定量分析等研究。用于作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、miRNAs聚类和表达谱分析等科学应用。 基因组测序: 细菌基因组测序:对全新或不同菌株细菌基因组进行全测序研究。 真菌全基因组测序(全新或不同菌株):对于真菌全基因组而言，可以得到到一个真菌基因组的精细图（基因组覆盖度大于95％，基因区覆盖度达到98％以上，单碱基错误率低于十万分之一）。 全基因组重测序：全基因组重测序是对已知基因组序列的物种的个体进行 测序，并在个体或群体水平进行差异分析的方法。基于全基因组重测序的分子育种，能够快速的进行种质资源普查筛选，寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。在全基因组水平上扫描并检测与动植物重要性状相关的突变位点，具有重大的科研价值和产业价值。 我们提供的数据分析服务（细致展开） 基本数据分析： 序列前处理工作，包括成对测序数据的序列匹配，裁减低质量部分，数据格式转换等 序列拼接，Scaffolding，对454数据的homopolymer进行修正等。 用多种主流基因预测软件预测基因并挑选最合适的代表基因结构。 tRNA/rRNA识别和分类。 基因组GC含量分析，并识别特异区域。 基因功能注释（包括同源注释和蛋白结构域识别）。 基因功能分类，参照Gene Ontology或COG标准（由用户指定标准）。 生物信息高级分析： 提供图型化界面由用户人工确认基因结构和基因功能注释。 重复序列识别和分类。 基因家族识别和聚类。 基因功能聚类，参照FunCatDB标准。 代谢调控途径识别和重建。 转录因子（Transcription Factor）识别和分类分析。 分泌蛋白识别和分析。 蛋白激酶识别和分析。 转运蛋白(Transporter)识别和分析。 假基因（pseudogene）识别和分析。 SSR标记模式识别和预测。 更多相关内容不再展开 应用举例 我们服务所提供的结果 二代测序技术水平较高，且不同客户需求不一致，以下只是基本的结果。 （一）实验结果报告 建库报告、测序报告。 （二）实验流程报告（完整实验记录） （三）实验数据分析报告（按不同应用包括基因组拼接结果、转录组表达量分析结果、miRNA种类与表达量等） （四）实验说明（所用仪器、试剂、耗材及分析软件） 我们所采用的设备 实验