第六章核酸与蛋白质序列分析2.pptVIP

郑连友 E-mail:lianyouzh@ 一个基本的DNA序列分析方案 第六章、核酸和蛋白质序列分析 6、CpG岛分析 CpG岛，是指哺乳动物基因启动子及其附近大量的CpG位点(CpG表示指C、G以磷酸基连接)。 事实上基因组中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛, 位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 CpG岛工具用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardiner-Garden and Frommer (1987)描述的方法。用一个200bp的窗口移过序列，每次移一个碱基对，进行计算。 CpG岛定义为Y值大于0.6并且GC含量大于50%的200bp序列区域。只有符合以上标准，才输入结果。CpG岛经常在脊椎动物基因的5区域发现，因此，这个程序可用来在基因组序列中查找潜在的基因。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （1）WEBGENE的CpG分析 r.it/cgi-bin/wwwcpg.pl 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （2）、EBI的CpGPLOT http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/ 第六章、核酸和蛋白质序列分析 7、终止信号分析 r.it/~webgene/wwwHC polya.html 第六章、核酸和蛋白质序列分析 8、基因定位分析 * 吉林大学 药学院 基因工程教研室 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第一节、核酸序列分析 三、DNA序列分析基础 四、DNA序列分析方法 第六章、核酸和蛋白质序列分析 三、DNA序列分析基础 1、DNA序列分析内容 DNA序列分析 ——基因序列 ——基因表达调控信息 寻找基因牵涉到两个方面的工作 ： 识别与基因相关的特殊序列信息 预测基因的编码区域 结合两个方面的结果确定基因的位置和结构 基因表达调控信息隐藏在基因的上游区域，在组成上具有一定的特征，可以通过序列分析识别这些特征。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 2、DNA序列功能位点 在DNA序列中，除了基因之外，还包含许多其它信息，这些信息大部分与核酸的结构特征相关联，通常决定了DNA与蛋白质或者DNA与RNA的相互作用。 存放这些信息的DNA片段称为功能位点，如启动子（Promoter）、基因终止序列（Terminator sequence）、剪切位点（Splice site）等。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 功能位点（functional site） -与特定功能相关的位点，是生物分子序列上的一个功能单元，或者是生物分子序列上一个较短的片段。 功能位点又称为功能序列（functional sequence）、序列模式（motif）、信号（signal）等。 核酸序列中的功能位点包括转录因子结合位点、转录剪切位点、翻译起始位点等。 在蛋白质序列分析中，常使用序列模式这个名词，蛋白质的序列模式往往与蛋白质结构域或者作用部位有关。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 DNA序列功能位点示意图 第六章、核酸和蛋白质序列分析 基因组序列中若干个相邻的功能位点组合形成功能区域（functional region）。 功能位点分析的任务 -发现功能位点特征 -识别功能位点 第六章、核酸和蛋白质序列分析 利用共有序列搜索功能位点 共有序列（consensus）又称一致性片段 共有序列是关于功能位点特征的描述，它描述了功能位点每个位置上核苷酸进化的保守性 例如: NTATN 利用共有序列进行功能位点分析牵涉到两个方面的问题， 如何构造共有序列 如何利用共有序列在给定的核酸序列上搜索寻找功能位点，并计算所找到的功能位点的可靠性 第六章、核酸和蛋白质序列分析 3、基因识别 基因识别是生物信息学领域里的一个重要研究内容 基因识别问题，在近几年受到广泛的重视 —当人类基因组研究进入一个系统测序阶段时，急需可靠自动的基因组序列翻译解释技术，以处理大量已测定的但未知功能或未经注释的DNA序列 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （1）原核基因识别 特点：长开放阅读框；高基因；简单的基因结构；原核基因组中的GC 含量高 重点在于识别编码区域 第六章、核酸和蛋白质序列分析 非翻译区域（untranslated regions, UTR） —编码区域两端的DNA，有一部分被转录，但 是不被翻译，这一部分称为非翻译区域 5’UTR---基因上游区域的非翻译区域 3’UTR---基因下游区域的非翻译区域 第六章、核酸和蛋白质序列分析 对于任何给定的核酸序列（单链D