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第四章 微生物的生理 第一节 微生物的酶 了解酶的命名和分类 弄清酶的化学本质 掌握理解活性中心、酶活性、反应初速度、比活性、Km 最适PH、最适温度、酶原、竞争性抑制 弄清影响酶促作用的各种因素 掌握酶促作用的动力学和结构基础 对比酶的几种不同类型的抑制作用 一、酶的特性 什么是酶? 酶是活细胞产生的一类具有催化功能的生物分子,所以又称为生物催化剂Biocatalysts 。 绝大多数的酶都是蛋白质。 酶催化的生物化学反应,称为酶促反应Enzymatic reaction。 在酶的催化下发生化学变化的物质,称为底物substrate。 酶和一般催化剂的共性 用量少而催化效率高; 它能够改变化学反应的速度,但是不能改变化学反应平衡。 酶能够稳定底物形成的过渡状态,降低反应的活化能,从而加速反应的进行。 酶的组成及化学本质 酶的化学组成 酶的组成形式 泛酸和辅酶A(CoA) 维生素(B3)-泛酸是由?,?-二羟基-?-二甲基丁酸和一分子?- 丙氨酸缩合而成。 泛酸和辅酶A(CoA) 辅酶A是生物体内代谢反应中乙酰化酶的辅酶,它的前体是维生素(B3)泛酸。 维生素PP和NAD+和NADP+ NAD+ (烟酰胺-腺嘌呤二核苷酸,又称为辅酶I) 和NADP+(烟酰胺-腺嘌呤磷酸二核苷酸,又称为辅酶II )是维生素烟酰胺的衍生物, 核黄素(VB2) 核黄素(维生素B2)由核糖醇和6,7-二甲基异咯嗪两部分组成。 缺乏时组织呼吸减弱,代谢强度降低。主要症状为口腔发炎,舌炎、角膜炎、皮炎等。 核黄素和 FAD和FMN FAD(黄素-腺嘌呤二核苷酸)和FMN(黄素单核苷酸)是核黄素(维生素B2)的衍生物, 硫胺素 硫胺素(维生素B1)在体内以焦磷酸硫胺素(TPP)形式存在。缺乏时表现出多发性神经炎、皮肤麻木、心力衰竭、四肢无力、下肢水肿。 硫胺素和焦磷酸硫胺素(TPP) 焦磷酸硫胺素是脱羧酶的辅酶,它的前体是硫胺素(维生素B1)。 吡哆素 吡多素(维生素B6,包括吡哆醇、吡哆醛和吡哆胺)。 吡哆素和磷酸吡哆素 磷酸吡哆素主要包括磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺。它的 生物素 生物素是羧化酶的辅酶,它本身就是一种B族维生素B7。 叶酸和四氢叶酸(FH4或THFA) 四氢叶酸是合成酶的辅酶,其前体是叶酸(又称为蝶酰谷氨酸,维生素B11)。 辅酶M(CoM) 专性厌氧的产甲烷细菌特有的辅酶,有三种形式。 功能:具有渗透性和热稳定性;甲基转移酶的辅酶,是活性甲基的载体,可辅助甲基还原酶将甲基还原为甲烷。 辅酶F420(CoF420 ) 专性厌氧的产甲烷细菌特有的辅酶,黄素衍生物,结构类似于FMN。 功能:电子载体,与NADP的还原偶联;甲基转移酶的辅酶,是活性甲基的载体。 辅酶F430(CoF430 ) 专性厌氧的产甲烷细菌特有的辅酶,结构为含有Ni的吡咯环。 功能:甲基辅酶M的还原酶组分,参与甲烷的末端反应。 酶蛋白的结构 一级结构:组成多肽链的氨基酸残基的连接方式和排列顺序及二硫键的位置。 氨基酸的结构与分类 蛋白质是由廿种基本氨基酸组成的。 酶蛋白的结构 二级结构:肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠,主要有?-螺旋、?-折叠、?-转角。 肽键平面(酰胺平面) X射线衍射法 多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转,形成螺旋结构,螺旋一周,沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基;两个氨基酸之间的距离为0.15nm; 肽链内形成氢键,氢键的取向几乎与轴平行,第一个氨基酸残基的酰胺基团的-CO基与第四个氨基酸残基酰胺基团的-NH基形成氢键。 蛋白质分子为右手?-螺旋。 ?-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成的;也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联,氢键与链的长轴接近垂直。 ?-折叠有两种类型。一种为平行式,即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式,即相邻两条肽链的方向相反。 Beta-sheet 在?-转角部分,由四个氨基酸残基组成; 弯曲处的第一个氨基酸残基的 -C=O 和第四个残基的 –N-H 之间形成氢键,形成一个不很稳定的环状结构。 这类结构主要存在于球状蛋白分子中。 转角结构 蛋白质的三级结构 蛋白质的三级结构(Tertiary Structure)是指在二级结构基础上,肽链的不同区段的侧链基团相互作用在空间进一步盘绕、折叠形成的包括主链和侧链构象在内的特征三维结构。 维系这种特定结构的力主要有氢键、疏水键、离子键和范德华力等。尤其是疏水键,在蛋白质三级结构中起着重要作用。 肌红蛋白的三级结构 酶的活性中心 酶的活性中心有两个:结合中心和催化中心 结合部位:专一性 空间形状和氨基酸残基组成上,利于酶-底物复合物的形成。 催化部位:高效性 与结合部位重叠或
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