蛋白质组信息学实验汇总.docVIP

实验三、多序列比对 软件平台 clustalX、bioedit、DnaMan 过程 Clustal： eq \o\ac(○,1)Load Sequence（数据文件必须在ClustalX目录里） eq \o\ac(○,2)菜单Alignment-Alignment Parameters-Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面 eq \o\ac(○,3)alignment - do complete alignment，进行完全比对(生成.dnd和.aln文件) eq \o\ac(○,4)比对完成，选择保存结果文件的格式phy：File-Save Sequence as- 结果处理：Bioedit: eq \o\ac(○,1)导入.aln文件 eq \o\ac(○,2)“掐头去尾”edit DnaMan: eq \o\ac(○,1)打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入Clustal X比对后的.aln文件 eq \o\ac(○,2)点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等 eq \o\ac(○,3)点击Output,输出为图形文件 实验五、分子进化与系统发育分析 软件平台 clustalX , MEGA, Phylip（注：phylip使用方法可搜