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分子系统学的新进展 黄原 2006-9 主要内容 1 DNA条形码 2 组装生命之树 3 谱系基因组学 4 系统发育信息学 5 系统发育分类学 6 系统发育生物学 DNA条形码DNA barcode 什么是DNA条形码? 能够用于识别和鉴定某一类群所有物种的一段DNA序列. DNA条形码是由 DNA 序列上A、C、G和T 4种碱基组成及其次序决定的。 DNA条形码标记的要求 在某一类群的所有物种中都有这段DNA序列. 必须是物种特异性的. 可以使用简便的方法进行研究. 在物种之间长度变异不大. 建议的DNA条形码标记 COI gene 18S rRNA gene 16S rRNA gene COI基因是首选标记 COI 基因5’约648bp. COI 不适用于植物. COI在两栖类进化速度很高, 不适用于两栖类. DNA条形码识别原理 建立地球上所有物种的DNA条形码数据库 测定待鉴定标本的条形码序列 将待鉴定标本的条形码序列与条形码数据库中的所有记录进行比对 根据比对结果中与最近邻居的条形码差异做出结论：已知物种或未知物种。 DNA条形码的意义 快速而准确的识别和鉴定物种 使非专业人员也能鉴定物种 野外物种识别 DNA条形码是技术而非科学 DNA条形码仅供物种识别. DNA条形码应该跟物种学名一样有承载它的凭证标本( vouchered specimen)或在微小型种类中有数码图象凭证. DNA条形码序列应该提交到专门的条形码数据库中. 根据DNA条形码进行物种识别的前提条件是已经测得并建立了相关类群所有物种的条形码标记的数据库. DNA条形码识别中存在的困难 Input order alters results Euclidean distances? Mitochondrial heteroplasmy Identical sequences in different species Introgression Hybrid speciation Incomplete lineage sorting NUMTs- Nuclear Pseudogenes DNA条形码国际组织 生物条形码联合体CBOL- Consortium for the Barcode of Life： 22国家的45 研究机构 2004年首届会议： London meeting (7th-9th of February) 有46个国家的220名代表参加。 目标Goals 加速DNA条形码的研究 建立向公众开放的DNA条形码数据库 促进条形码识别根据的开发 Funded by Sloan Foundation /pm2/project/public_project.php The Barcode of Life Database (BoLD) has 32,000 + sequences, (12,000 spp +). Projects examples Neighbor-Joining Tree of Genetic Distances in COIAmong and Within 100 Hominidae. Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Differences in DNA barcodes help create trees showing genetic distances between species. DNA分类学（ DNA Taxonomy ） 定义：应用DNA序列作为唯一数据来描述和定义分类单元。 2. 组装生命之树 Assembling the Tree of Life (ATOL) Tree of Life: 10M species 现在是组装地球上所有生物的系统发育树的时候 基因组学和DNA测序技术已经能够满足组装生命之树所需要的数据. 生物信息学的理论和方法已经能够满足组装生命之树需要的计算和数据管理任务 Assembling the Tree of Life The Assembling the Tree of Life (AToL) Program construct a universal Tree of Life for all 1.7 million named species of living organisms on earth. capitalize on new computational and genomic technologies. encompass all microbes, fungi, proti