高通量rna甲基化测序数据处理与分析研究进展.docVIP

高通量RNA 甲基化测序数据处理与分析研究进展* 刘 恋1张绍武1**孟佳2陈润生1,3 (1西北工业大学自动化学院,信息融合技术教育部重点实验室,西安710072; 2 西交利物浦大学生物科学系,吴江太湖新城研究院,苏州215123;3中国科学院生物物理研究所,北京100101 摘要随着高通量测序技术快速发展,MeRIP-seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing测序技术开启了RNA 表 观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA 甲基化.从MeRIP-seq 高通量数据中挖掘RNA 甲基化模式,有助于揭示mRNA 甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从MeRIP-seq 测序原理出发,较全面地综述MeRIP-seq 数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.关键词 MeRIP-seq 测序,数据处理与分析,RNA 甲基化,表观遗传 学科分类号 Q5,Q6,Q7 DOI :10.16476/j.pibb.2015.0078 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2015,42(10:891~899 *国家自然科学基金资助项目6147323261170134.**通讯联系人. Tel:029E-mail:zhangsw@ 收稿日期:2015-03-23,接受日期:2015-07-01 表观遗传学,包括组蛋白共价修饰(covalent histone modification、DNA 甲基化修饰(DNA methylation、RNA 甲基化修饰(RNA methylation、基因组印记(genomic imprinting、基因沉默(gene silencing、RNA 编辑(RNA editing及非编码RNA (noncoding RNA等,是指在核苷酸序列不发生改变的情况下,生物表型或基因表达发生了稳定的可遗传变化[1].RNA 甲基化作为表观遗传学研究的重要内容之一,是指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenosine ,m 6A和5-甲基胞嘧啶(C 5-methylcytidine ,m 5C是真核生物中最常见的两种RNA 转录后修饰.RNA 甲基化在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA 寿命和降解等方面可能扮演重要角色.相对于DNA 甲基化,RNA 甲基化更加复杂、种类繁多、普遍存在于各种高级生物中[2-4].由于缺乏有效检测手段,相关研究多局限于非编码tRNA 和rRNA ,或小部分编码转录片段[1],且多数RNA 甲基化功能未知. 随着高通量测序技术的发展[5]及一些RNA 甲基化功能的发现[6-11],人们开始关注RNA 甲基化研究.尤其MeRIP-seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing高通量测序技术的出现,能够高效精确检测全转录组不同的RNA 甲基化,奠定了RNA 甲基化研究基础.如何有效处理和分析MeRIP-seq 技术生成的海量数据,是成功发现RNA 甲基化机理及功能的关键. 本文较全面介绍MeRIP-seq 测序原理、数据处理及分析基本流程、关键方法、现有算法软件,重点讨论MeRIP-seq 数据处理和分析过程中所面临的挑战. 1MeRIP?seq 技术测序原理 MeRIP-seq 技术将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation ,MeDIP技术[12]、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation ,RIP技术和RNA 测序(RNA sequencing ,RNA-seq技术[13]组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组范围内的RNA 甲基 生物化学与生物物理进展Prog.Biochem.Biophys.2015;42(10 2MeRIP?seq 测序文库制备和测序平台数据输出 本小节将针对Illumina/Solexa 测序平台,介绍MeRIP-seq 测序文库制备及测序平台数据输出.2.1MeRIP?seq 测序文库制备 MeRIP-seq 测序文库制备过程如下:首先从样本细胞组织中分离出RNA ,考虑到总RNA 中含有 大量的rRNA 序列,因此需要结合不同的方法去除其中的rRNA .对于真核生物而言,常采用Poly(T寡核苷酸提取出带Poly(A的RNA 去除rRNA ;而对不含Poly(A尾的转录本序列以及