蛋白质残基接触图预测.PDFVIP

第４３卷 第 １期 南京理工大学学报 Ｖｏｌ.４３ Ｎｏ.１ ２０１９年２月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｆｅｂ.２０１９ 蛋白质残基接触图预测 於东军ꎬ李　 阳 (南京理工大学 计算机科学与工程学院ꎬ江苏 南京 ２１００９４) 摘　 要:蛋白质是由多个氨基酸组成的长链ꎬ是生物体的必要组成成分ꎬ参与了生命活动的每一 个进程ꎮ 蛋白质结构决定了许多蛋白质的功能ꎬ准确预测蛋白质中氨基酸残基接触对于蛋白质 结构预测具有重要意义ꎬ蛋白质残基接触问题已经成为当前生物信息领域的热点问题ꎮ 该文首 先给出了蛋白质残基接触图预测的相关背景知识及其重要意义ꎻ其次ꎬ总结了当前国内外研究 的主流方法ꎬ包括基于局部相关性的方法、直接耦合分析法与其后处理的方法、以及基于有监督 机器学习的方法ꎬ并对其中的代表性方法进行了阐述ꎻ结合国际蛋白质结构预测竞赛(Ｃｒｉｔｉｃａｌ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎꎬＣＡＳＰ)的结果对现有模型的性能做了对比和分析ꎻ在此 基础上ꎬ探讨了残基接触图预测在蛋白质结构功能建模中的应用ꎻ最后ꎬ针对蛋白质接触图预测 中存在的若干难点问题ꎬ给出了有望取得突破的若干研究方向ꎮ 关键词:蛋白质残基接触图ꎻ蛋白质结构预测ꎻ协同进化ꎻ机器学习ꎻ国际蛋白质结构预测竞赛 － － － 中图分类号:ＴＰ３９１.４　 　 文章编号:１００５ ９８３０(２０１９)０１ ０００１ １２ － ＤＯＩ:１０.１４１７７/ ｊ.ｃｎｋｉ.３２ １３９７ｎ.２０１９.４３.０１.００１ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｓｉｄｕｅ￣ｒｅｓｉｄｕｅ ｃｏｎｔａｃｔ ｍａｐ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ Ｙｕ ＤｏｎｇｊｕｎꎬＬｉ Ｙａｎｇ (Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇꎬＮａｎｊｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬＮａｎｊｉｎｇ ２１００９４ꎬＣｈｉｎａ) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｒｅ ｌａｒｇｅ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓꎬｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ ｒｅｓｉｄｕｅｓ. Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｉｍｐｏｒｔ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ ｉｎ ｌｉｖｉｎｇ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ａｒｅ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ａｌｍｏｓｔ ｅｖｅｒｙ ｌｉｖｉｎｇ ｐｒｏｃｅｓｓ. Ｔｈｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｒｅ ｍｏｓｔｌｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｂｙ ｔｈｅｉｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ. Ａｃｃｕｒａｔｅｌｙ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｔａｃｔ ｍａｐｓ ｐｌａｙｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｒｏｌｅ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｈｒｅｅ￣ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ. Ｉｔ ｈａｓ ｂｅｅｎ ｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅｈｏｔｔｅｓｔｔｏｐｉｃｓｉｎｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｔｏｐｒｅｄｉｃｔ ｃｏｎｔａｃｔ ｍａｐ.Ｔｈｅｂａｃｋｇｒｏｕｎｄｋｎｏｗｌｅｄｇｅａｎｄｔｈｅ ｇｒｅａｔ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｔａｃｔ ｍａｐ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｒｅ ｆｉｒｓｔｌｙ ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ. Ａｆｔｅｒ ｔｈａｔꎬｗｅ ｓｕｍｍａｒｉｚｅ ｓｏｍｅ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｃｏｎｔａｃｔ ｍａｐ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎꎬｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ￣ｂａｓ