第5章多序列比对.pptVIP

什么是多序列比对? 3条或以上的氨基酸(核酸)序列比对; 序列所有残基的相对位置保持不变，将不同序列间相同或相似的残基放入同一列， 即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐; 对齐的残基在进化上同源。 多序列比对的应用 用于描述一组序列之间的相似性关系，寻找保守区域，了解一个基因家族的基本特征。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 多序列比对的渐进比对过程 简单过程： 1. 先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性得分，并根据相似性分值将它们分成若干组 2. 然后，逐渐地加上较小相关的序列或者序列组 合…，直到得到最终比对结果。 渐进法多序列比对——Clustal W/X 对所有序列两两全局比对（ Needleman-Wunsch算法），计算得到一个距离矩阵，该矩阵反映每对序列的关系； 用距离矩阵构建比对指导树； 根据指导树的分支顺序，关系最近的两序列开始比对，由近至远，逐步添加序列，直到所有序列全部加入为止。 Clustal W/X多序列比对步骤 1 Clustal W/X多序列比对步骤 1 Clustal W/X多序列比对步骤 2 Clustal W/X多序列比对步骤 3 ClustalW/X：存在的问题 最终的比对结果非常依赖起始两两序列比对，如果这些序列在进化中相近，比对结果是非常好。 ——例如，距离最近的有两组序列AB和CD，以A