基于GPU计算的并行PLS算法研究与实现.docVIP

第 31 卷 第 7 期2012 年 7 月分析测试学报FENXI CESHI XUEBAO( Journal of 第 31 卷 第 7 期 2012 年 7 月 分析测试学报 FENXI CESHI XUEBAO( Journal of Instrumental Analysis) Vol. 31 No. 7 771 ～ 778 基于 计算的并行 算法研究与实现 GPU PLS 杨辉华1，3* ，唐天彪2，3 ，李灵巧1 ，郭 桂林电子科技大学 电子工程与自动化学院，广西 桂林 拓2，3 ，罗国安3 ( 1． 541004; 2． 桂林电子科技大学 计算机科学与工程学院，广西 桂林 541004; 3． 清华大学 分析中心，北京 100084) 摘 要: 偏最小二乘算法( PLS) 是与红外、近红外光谱分析结合使用最为广泛的化学计量学算法，然而当前 PLS 算法通常采用单线程方式实现，当校正模型数量多或样本数量大、波长点数和主成分数较多，模型需对 光谱预处理和波长选择方法反复优化时，计算十分缓慢。为大幅提高建模速度，该文提出了一种基于图形处 理器( GPU) 的并行计算策略，利用具有大规模并行计算特性的 GPU 作为计算设备，结合 CUBLAS 库函数实 现了基于 GPU 并行的 PLS 建模算法( CUPLS) 。利用近红外光谱数据集进行性能对比实验，结果表明 CUPLS 建模算法较传统单线程实现的 PLS 算法，加速比可达近 42 倍，极大地提升了化学计量学算法的建模效率。 该方法亦可用于其它化学计量学算法的加速。 关键词: 偏最小二乘; 并行计算; 图形处理器; CUDA; 光谱分析 中图分类号: O657. 3; 文献标识码: 文章编号: 1004 － 4957( 2012) 07 － 0771 － 08 TB96 A doi: 10. 3969 / j. issn. 1004 － 4957. 2012. 07. 003 Research and Implementation of Parallel PLS Algorithm Based on GPU Computing YANG Hui-hua1，3* ，TANG Tian-biao2，3 ，LI Ling-qiao1 ，GUO Tuo2，3 ，LUO Guo-an3 ( 1． School of Electric Engineering and Automation，Guilin University of Electronic Technology，Guilin 541004，China; 2． School of Computer Science and Engineering，Guilin University of Electronic Technology，Guilin 541004，China; 3． Analysis Center，Tsinghua University，Beijing 100084，China) Abstract: Partial least squares( PLS) algorithm is one of the most common used chemometric algo- rithms，and is often combined with infrared and near infrared spectroscopy analysis． However，its regular implementation in a single-threaded way makes the modeling process severely ineffective when there are a great deal of models to built，or when there are iterative optimizations of the wavelength ranges and its preprocessing methods need to build an optimal model which contains thousands of sam- ples，enormous data points，and uses a large number of principal components． To give an effective modeling method in this situation，this paper presented a novel parallel chemometric computation strategy