伯杰氏系统细菌学手册范本.pptVIP

(2) 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。 核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性 a）DNA-DNA杂交； （亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较） b）DNA-rRNA杂交； （亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较） c）核酸探针； （利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定） * 2. 核酸分子杂交法 遗传分类法 * 4.rRNA寡核苷酸编目分析 遗传分类法 一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源行程度,乙确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法 RNA作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 (3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析 * * 细胞化学成份用作鉴定指标 细胞壁的化学成份 全细胞水解液的糖型 磷酸类脂成份 醌类 气相色谱分析代谢产物如脂肪酸等 * 3．电子计算机在微生物学中的应用  　　计算机应用于微生物分类始于数值分类法(numerical taxonomy)。所谓数值分类法，是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。 计算机在分类中的应用，除进行数值分类外，在生物分类的其他方面也发挥了巨大的作用， 如rRNA、DNA或蛋白质等序列资料的贮存、分析；制作各类生物分类资料的软件供个人或实验室随时检索使用等等。 　　 生物信息学 知识回顾Knowledge Review * 分类学的基本任务有3个，即分类（classification）、鉴定（identification）和命名（nomenclature）。 * 广谱降解染料 * 俗名—common name简洁易懂，方便记忆，但涵义往往不够准确，还有适用范围和地区性的限制。 命名—scientific name菌种的科学名称。菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的国际学术界公认，并通用的名称。 命名原则： 学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人和鲜明定名年份 规定与常识：属名应大写首字母、单数、可以组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写 * MicroScan * 根据相拟性和表型特征选择最接近的15个种16SRNA序列得出全连锁聚类分析树状谱，亲缘关系相差甚远。根据该菌发酵代谢和特有的芽殖特点，建议建立新科－发酵芽殖菌科（Fermentobadaceae fam. Nov.）。命名：Guhaiyingella gen.nov .guhaiyingii sp.nov. * 数值分类法的分类原则不同于传统的分类法，其中最重要的区别在于：传统分类法的分类特征有主次之分，而数值分类法则强调所采用的分类特征同等重要，在划分类群时它们都具有同等的地位。 数值分类法是根据生物表型特征总的相似性分类，所以其分类结构所表示的是一种表型关系，并不直接表示生物的系统发育，因此数值分类所划分的类群又称为表元(phenon)或表观群(phemotic group)以 区别于传统的分类单元。但通过对数值分类结构的分析，可以把其分类结果作为建立或修改传统(自然)分类单元(如种、属等)的依据。 * 利用电子计算机鉴定微生物的方法，为数颇众，由最简单的检索法直到复杂的多变量分析技术，如判别分析法、相关系数法、概率最大近似模型法等。简单的检索法，是将传统的鉴定检索表或有关资料，存储于计算机的存储器内，进行微生物鉴定时，将未知菌的试验数据输入计算机，计算机自动进行检索，然后输出结果。这种方法虽然简单易行，但远不能满足现 代微生物鉴定的要求，因而多变量分析技术，尤其是概率最大近似模型法，最常用于计算机进行运算鉴定微生物，例如：大多数微量多项试验鉴定系统、快速自动化微生物检测仪器，它们携带的计算机软件进行的自动分析鉴定，就是用概率最大近似模型法进行。计算机用于微生物鉴定严格说目前应是辅助鉴定，因为它不能代替人进行微生物特征的试验，而取得原始数据资料，然而，它存贮、分析、处理极为错综复杂的庞大数据的能力和自动输出鉴定结果的功能，大大提高了微生物鉴