呈现疏水性的胺基酸-LuLab.PPT

我要如何找出蛋白質和DNA的鍵結? 指令: 10 重新開啟 1D66.pdbhide allshow ribbonrotate z, -90 select dna, chain d+e選擇 chain D+E，並命名為 DNAhide ribbon, dnashow cartoon, dna 請貼圖 10 select atom01, dna around 3.1 and not dna 選擇距離 DNA 3.1A內，但不選擇 DNA! 上列的指令應該會選出35個原子! 顯示訊息: Selector: selection atom01 defined with 35 atoms. show dots, atom01 現在可滾動滑鼠中鍵滾輪，查看相對位置 請貼圖 10 hide dots, atom01 select atom02, atom01 and not resn HOH刪去 water. 按下 Enter，總共選擇了19個原子顯示訊息: Selector: selection atom02 defined with 19 atoms.show sphere, atom02  請貼圖 10 select protein, chain a+bselect atom03, protein around 3.1 and dna顯示訊息: Selector: selection atom03 defined with 22 atoms.hide cartoon, dnashow sticks, dna 請貼圖 改變DNA為 sticks 顯示模式，便於評估氫鍵 10 在 Name Panel 的 atom02 欄, 以滑鼠左鍵點選 , 選擇 Actions: preset - technical h_add protein幫 protein加上氫 select don, (elem n,o and (neighbor hydro)) select acc, (elem o or (elem n and not (neighbor hydro))) dist HBA, (atom02 and acc),(atom03 and don), 3.2 dist HBD, (atom02 and don),(atom03 and acc), 3.2 顯示訊息: Executive: object HBD created.hide (hydro) delete don delete acc  2. 放大並點擊 donor 和 acceptor 的殘基，然後評估它們的氫鍵。[參考資料]1. Displaying Biochemical Properties from PyMOLWiki 10 我要如何看到一個分子的內部? 指令: orient 1d66 remove resn HOH刪去水分子顯示訊息: Remove: eliminated 51 atoms in model 1D66.util.cbaw 1d66# color the 1D66 model by element CHNOS #7 (carbon white) hide linesshow spherezoom 1d66, -20設定負值=放大,正值=縮小)滾動滑鼠中鍵滾輪，執行平板面模式(slab mode) 呈現剖面圖，在剖面之前的原子將看不到，只看到剖面之後的物質。 11 請貼圖 11 我要如何要在固定DNA下旋轉視窗? 指令: 重新開啟 1D66.pdbhide allshow ribbonorient 1d66select dna, chain d+ecenter dna 試著繞著DNA螺旋的軸旋轉。 (滑鼠上、下移動試試).注意DNA是繞著質心上下移動，所以蛋白質也會跟著繞! 12 對於各種不同的展現方法 指令: set sphere_scale=.25 set stick_radius=.15 set ribbon_radius = 0.5 set cartoon_rect_width=0.5 set cartoon_rect_length=0.95 set cartoon_helix_radius=.5 set cartoon_loop_radius=1.0set transparency = .75 13 我要如何標示原子? 指令: 重新開啟 1D66.pdborient 1d66zoom 1d66, -30move y, -25 請貼圖 14 2. 選取原子，以 Ctrl+滑鼠右鍵配合點選 3. 在