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第五章 核酸化学 Nucleic Acid NA 四 DNA的结构 一级结构：脱氧核苷酸分子间连接方式及排列顺序。 二级结构：DNA的两条多聚核苷酸链间通过氢键形成的双螺旋结构。 三级结构：DNA双链进一步折叠卷曲形成的构象。 核苷酸之间的连接方式：3’,5’-磷酸二酯键 书写方式 pTpGpCpApT pTGCAT 5’→3’，不可颠倒 (二) DNA的二级结构 1953年，WatsonCrick DNA双螺旋结构模型 1 两条多核苷酸链绕同一个轴形成右手双螺旋，螺旋直径2.0nm。并且两条多核苷酸链是反向平行的。 2 糖-磷酸骨架位于双螺旋外侧，碱基位于链内部。糖平面与螺旋中心轴平行，碱基平面与轴垂直。双螺旋表面有两个宽度不同的沟槽，称大沟和小沟。 3 相邻碱基对间的轴向距离0.34nm，螺旋的轴距3.4nm，10个核苷酸形成一圈螺旋。 4 双螺旋的两条链之间按照A与T，C与G的碱基配对原则互补配对(称Watson-Crick配对)，并且AT之间形成两个氢键，CG之间形成三个氢键 5 维持双螺旋结构稳定的作用力 碱基堆积力(最主要)，包括碱基对芳香环堆积所产生的疏水作用力和堆积的碱基对间的范德华力 两条多核苷酸链互补碱基对间的氢键 磷酸基团上的负电荷与溶液中阳离子间的盐键 DNA双螺旋的其它形式 （1）?? B—DNA：典型的Watson-Crick双螺旋DNA 右手双螺旋 每圈螺旋10.4个碱基对 螺距：3.32nm （2）? A-DNA 右手双螺旋，外形粗短。 RNA-RNA、RNA-DNA杂交分子具有这种结构。 （3）Z-DNA 左手螺旋，外形细长。 天然B-DNA的局部区域可以形成Z-DNA。 （4）?三股螺旋DNA K. Hoogsteen 1963 ★DNA三股螺旋结构常出现在DNA复制、转录、重组的起始位点或调节位点，如启动子区。 第三股链的存在可能使一些调控蛋白或RNA聚合酶等难以与该区段结合，从而阻遏有关遗传信息的表达。 (三) DNA的三级结构 共价闭合环状DNA，超螺旋DNA 超螺旋是指螺旋轴本身的扭曲，如果DNA双螺旋轴没有扭曲，则为松弛型(relaxed form)。 若松弛型环状DNA分子的一条链断裂，绕另一条完整的链以解链方向(左手)旋转几圈，当末端重新连接起来时，由于DNA双螺旋旋转不足而会造成局部解链的结构，或者通过增加每个螺旋的碱基数来解除它的旋转不足。这种因欠旋而产生的张力将驱使DNA形成超螺旋(负超螺旋)。 同样，若DNA双螺旋旋转过度会造成正超螺旋。 所有天然DNA的超螺旋都是负超螺旋。 DNA拓扑学性质 L：连环数(linking number)，指两条链相互缠绕的次数。共价闭合环状DNA的两条链都不断裂，则不会改变。 T：盘绕数(twist number)，指螺旋的圈数。 W：超螺旋数(writhing number)，指DNA超螺旋绕螺旋轴的次数。 L＝T＋W 一给定环状DNA分子(L不变)因拓扑学性质而产生的不同形式，如松弛型和超螺旋型，称拓扑异构体。结构相同、L值不同的DNA分子称为拓扑异构体。 真核生物染色体DNA(线形双螺旋结构)在核小体中的扭曲也是一种超螺旋 DNA的负超螺旋有利于DNA复制及转录时双螺旋的打开 真核细胞染色体DNA的特点 重复序列 高度重复序列 在基因组中出现几千～几百万次，如卫星DNA。人染色体中约占20％。不被转录 中度重复序列 十几～几百次。人约占12％。有些作为基因，如rRNA与tRNA基因，组蛋白基因，免疫球蛋白基因。有些是非转录区，与基因表达调控有关。 轻度重复序列与单一序列 绝大多数蛋白质的基因 原核生物中重复序列很少存在 回文结构，反向重复，180度旋转对称 基因中的插入序列 真核生物基因中存在非编码序列，称插入序列。 基因的编码区称外显子(exon)，其间的插入序列称内含子(intron) 五 RNA的结构 tRNA的结构 分子量约25000，4S。60～95个核苷酸，多数为76个。 约有15个位置的碱基是不变的，约8个位置半不变。 3’端CCA，为接受氨基酸的位置。 反密码子能识别mRNA的密码子 含有较多的修饰成份。 tRNA的二级结构： 三叶草形 tRNA的三级结构： 倒L形 真核生物mRNA的结构 5’-帽子 m7G通过特殊的5’,5’-三磷酸连接。 与翻译的起始有关，并可防止5’-核酸外切酶的水解 原核生物无帽子结构 Poly(A)尾巴 真核生物成熟mRNA 3’-端有一段长100～200个腺苷酸Poly(A)的尾巴， Poly(A)可提高mRNA的稳定性。 可