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SNP检测技术 阅微基因 内容简介 1 SNP 概念 2 SNP 研究应用 3 SNP 检测技术 4 SNP 检测方法选择 SNP 的概念  单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的 改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一 条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷 酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。  它包括单碱基的转换，颠换、 插入及缺失等形式。 SNP在基因组内的形式:  一是遍布于基因组的大量单碱基变异；  二是分布在基因编码区(coding region) ，称其 为cSNP，属功能性突变。 SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列； （2）在转录区非同义突变的频率，比其他方式突变的频率 低得多。 SNP 的特点  在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛 应用，主要源于这几个特点: 密度高 SNP在人类基因组的平均密度估计为 1\1000 bp， 6 在整个基因组的分布达 3×10 个，密度比微卫星标记更高， 可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标记。 富有代表性 某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋 白质结构或表达水平，因此，它们可能代表疾病遗传机理中 的某些作用因素。 SNP 的特点 遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标记相比，SNP 具有更高的遗传稳定性。 易实现分析的自动化 SNP标记在人群中只有两种等位型 (allele) 。这样在检测时只需一个“+\-”或“全\无”的 方式，而无须象检测限制性片段长度多态性，微卫星那样 对片段的长度作出测量，这使得基于SNP的检测分析方法 易实现自动化。 SNP的应用 1. 确定基因多态性和疾病的关系 2. 解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 3. 对未来疾病做出诊断 4. 研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药物开 发及临床合理用药 5. 个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进行法医 鉴定及个体识别 基因组制图  “遗传图”、“物理图”、“序列图”和“转录图”  将SNPs 与人类基因组序列、物理和遗传图谱结合起来以 期在序列变异、疾病关联基因、种族遗传和基因组扫描等 方面作出进一步研究。  1998年，SNPs图谱，2227 个SNPs 定位和作图。  2001年，124万个SNPs的图谱。  目前超过500万个SNP位点，图谱未知。 连锁不平衡性分析  原理：首先确定一批按一定间隔存在、覆盖整个基因组的 SNP标记，然后在特定群体中寻找这些SNP 标记与待研 究特征之间的关系，即确定与特征相关的SNP基因型，从 而确定导致生物出现特定性状的基因组区域。  Martin 等，为阿尔茨海默症(Alzheimer disease，AD) 的候选基因ApoE附近的SNP制图，在ApoE周围1.5Mb 的区域内为60个SNP分型，并通过家系连锁分析，在 ApoE基因两侧各40kb的区域内13个SNP中发现有7个连 锁，已有有力证据表明这7个SNP以及ApoE基因周围 16kb内另外两个SNP与AD连锁。 疾病易感性研究中的应用  原理：SNPs被认为是一种稳定遗传的早期突变，与疾病 有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者明显超 过非患者时，即表明该标记与疾病关联，通过比较分析两 者的单倍型和研究连锁不平衡性，可将基因组中任何未知 的致病基因定位。  Horikawa 等，应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁不 平衡的相关分析，在墨西哥