最小细菌基因组的设计与合成.pdf

最小细菌基因组的设计与合成 翻译自： Hutchison et al., 2016. Design and synthesis of a minimal bacterial genome. Science 351(6280): 1414 aad6253 ； 译者： 浙江大学农业与生物技术学院应用生物科学专业 （1501 ） 陶天怡，龚杭荻，蒋知妍 *该译文来自 《生物信息学》课程作业 （樊龙江主讲） 【论文概述】 1984 年，为了理解生命的基本原则，可自主生长的最小细胞即支原体被用作模型探究。 1995 年，我们报告了首个完整的细胞基因组序列 （嗜血杆菌，1815 个基因；生殖支原体， 525 个基因）。通过比较这些序列，我们发现了一组保守的、大约250 个必要基因的核心成 分，而这一核心组件比其中任一基因组都要小。1999 年，我们引入了全局转座子诱变方法 并且通过实验证明生殖支原体中含有许多对于生长并不必要的基因，尽管它是在自然条件下 发现的能够自主增殖、且具有已知最小基因组的细胞。这表明，人工合成一个比自然条件下 都要小的细胞使有可能的。现在，全基因组可通过化学合成寡核苷酸得到，且将其导入一个 受体细胞环境中即可获得可存活细胞。我们使用了全基因组设计与合成的方法来解决最小化 细胞基因组的问题。 1）基本原理 从获得首个基因组序列开始，大量工作一直通过比较基因组的方法，在各种细菌模型中 鉴别非必要基因和明确保守基因功能核心组。通常，有多个基因产物可提供一种特定的必要 功能。在这种情况下，承担这些功能的基因都不是必要的，并且任一基因并非都必需被保留 下来。因此，这些方法并不能仅靠它们的结果来鉴明足以组成一个可生活基因组的一组基因。 我们从设计并建造一个基因组出发，继而测试其可行性来实验性地简明一个最小细胞基因组。 我们的目标仅为单个简单细胞，因此我们可以确定每个基因的分子和生物学功能。 2）结果 我们通过全基因组设计与合成，将丝状支原体JCVI-syn1.0 的1079 个碱基对的基因组最 小化。根据现存分子生物学知识与有限的转座子诱变数据建立的首个设计并不能产生可生存 细胞。优化后的转座子诱变揭示了一组健壮生长所需要的准必要基因，这恰恰解释了我们首 个设计的失败。再经由三个设计、合成和检测的循环并保留准必要基因，我们得到了 （ ， 个基因）。该细胞的基因组比任何天然可自主复制的细胞都要小。 JCVI-syn3.0 531kbp 473 JCVI-syn3.0 增殖一次所需的时间约为180 分钟，且产生的菌落表型与JCVI-syn1.0 的相似，并 且在纤维检测中表现出多态性。 3）结论 最初最小细胞的概念看起来是相当简单的，但如深究，则它的概念变得更为复杂。除了 必要基因和非必要基因外，细胞中同时也存在准必要基因。这些准必要基因对于细胞生活性 并非绝对必要，但对于健壮生长则是不可或缺的。因此，在基因组最小化的过程中，我们需 要在基因组的大小和生长速率中找到一个平衡点。 是一个接近可行的最小细胞基 JCVI-syn3.0 因组，在小基因组与可行的实验生物生长速率中达到了一定的平衡。它保留了几乎所有涉及 到大分子合成与加工的基因。意外地，它依旧含有149 个未知生物学功能的基因，表明仍有 一些生存必需的基因功能未被发现。 是一个可被用于调查生命的核心功能和探究 JCVI-syn3.0 全基因组设计的通用 （ ）的平台。 versatile 四个产生JCVI-syn3.0 的设计-合成-检测循环 (A) 基因组设计，在酵母中进行合成、克隆以完成建造，通过基因组移植检测可行性的循环。在每个循环 后，基因的必要性被通过全局转座子诱变极性重新评估。 (B) JCVI-syn1.0 （外侧蓝环）与JCVI-syn3.0 （内侧红环）的比较，通过相分离的8 个片段显示。外侧环内部 的红色条形代表的是JCVI-syn3.0 中保留的区段。 (C) 一簇JCVI-syn3.0 细胞，显示其不同大小的球形结构 （比例尺，200nm）。 【论文正文】 摘要 我们用全基因组设计和完整的化学合成来减小最小的含有1079kb 碱