核酸化学2dna的结构和特性.pptxVIP

DNA的结构与特性Structure and Characters of DNAWatson-Crick的DNA双螺旋结构特征2.0 nm双螺旋分子中糖分子与纵轴平行，与碱基平面垂直。稳定双螺旋结构的作用力为氢键和碱基堆积力（即疏水作用）。DNA的三级结构DNA的大小：噬菌体T2DNA长约50 μmE-coli DNA 长约1 mm人生殖细胞DNA长约1 mDNA的分子形状原核生物的基因组DNA（即染色体）、质粒（plasmid）DNA、一些病毒DNA、线粒体及叶绿体DNA，呈环状双链（double stranded cyclic DNA, DSCDNA） 。真核生物的染色体DNA，大部分噬菌体DNA，和一些病毒DNA，呈线状。 共价闭合环状DNA（covalently closed circular DNA, cccDNA）的超螺旋结构（superhelical structure） 超螺旋：指双螺旋环状分子再度螺旋化即成为超螺旋结构。形成超螺旋的基础: DNA双螺旋的扭曲形成超螺旋（superhelix） 自从1965年Vinograd等人发现多瘤病毒的环形DNA的超螺旋以来，现已知道绝大多数原核生物的DNA都是共价（封）闭环（covalently closed circle, 简称cccDNA 分子）。 对于真核生物来说，虽然其染色体上多为线形DNA分子，但其DNA均与蛋白质结合，两个结合点之间的DNA形成类似CCC分子的环结构（loop），同样具有超螺旋形成。环状DNA引发的拓扑学问题拓朴学（topology）是专门研究物体变形后仍然保留下来的结构特性。supercoiledrelaxed ?噬菌体DNA在不同的生活周期可以以环形或线形存在，线状DNA的两端有粘末端（cos位点，cohensive-end site），有助于DNA连接酶将互补的粘末端连成环状。其中会带来拓朴学的问题。一段长260 bp的B-DNA，周期数为25，把它们连接成环，此时的DNA为松弛型DNA。若将上述DNA先拧松2周后再连接成环，可以形成两种环形DNA，一种称解链环形DNA（螺旋周数23）和突环。另一种为超螺旋DNA，螺周数仍为25，但同时具有2个超螺旋周。从力能学看，超螺旋更易形成。超螺旋DNA具有更为致密的结构，可以将很长的DNA分子压缩在一个较小的体积。 生物体的DNA绝大多数是以超螺旋形式存在的。超螺旋DNA密度较大，离心场中较线形或开环DNA移动快，凝胶电泳时泳动的速度也较快。 DNA拓扑异构体之间的转变是通过拓扑异构酶(topoisomerase)来实现的。图 2420 bp环形双股DNA，形成42匝螺旋。切开后旋松6圈后再连成环状，会形成两种构象结构。 超螺旋DNA可采取两种拓扑学上相当的形式。一种相当于双螺旋绕圆柱体旋转；另一种相当于双螺旋相互盘绕。超螺旋的这两种形式可以相互转变。图 3 DNA结构的上述变化可以用数学式来表述：L = T ＋ W 　L称为DNA的连接数，它是DNA的一股链绕另一股链盘绕的次数，它代表环型双螺旋DNA分子的拓扑特性。在不发生链的断裂时, 它是一常数。例如，前图中DNA原来的L为42，放松后为36。在右手双螺旋中，L规定为正。　T称为盘绕数，它代表DNA的一股链绕双螺旋轴所做的完整的旋转数。对B-DNA而言，它等于DN A的碱基数除以10（晶体中）。W为超盘绕数，代表双螺旋轴在空间的转动数，T和W是可变的。 前图中，其中原来的环型DNA的L=42，T=42，故W=0，即不存在超螺旋。它螺旋轴处在同一平面中，分子处于松弛状态。在保留一单链区的DNA分子中，L和T都为36，分子仍未形成超螺旋。在超螺旋DNA中，L仍为36，若使T保持未松开前的42，W就成-6，即成为超盘绕 6次的负超螺旋。　超螺旋是DNA三级结构的一种普遍形式。双螺旋DNA的松开导致形成负超螺旋，而DNA的拧紧则导致形成正超螺旋。 天然的DNA都呈负超螺旋，但在体外可得正超螺旋。溴乙锭、放线菌素D等的分子都是扁平的，它们可以嵌入DNA的碱基对之间。溴乙锭分子的嵌入能使相邻碱基对的间隔增至0.7 nm。对一个呈负超螺旋的环形DNA分子来说，溴乙锭的嵌人并没有改变连接数，但盘绕数减少，结果超螺旋数向相反方向改变。随着溴乙锭量的增加，负超螺旋DNA就转变为松弛态；溴乙锭的再进一步增加，DNA就转变为正超螺旋。细菌质粒DNA的不同状态超螺旋松弛型部分解链Gyrase：促旋酶，旋转酶Topoisomerase：拓扑异构酶正螺旋和负螺旋DNA双螺旋为右旋螺旋。细胞中的环状DNA一般呈负超螺旋，即右旋螺旋不足导致部分碱基不形成配对，分子通过整体拓扑学上的右旋来补足右旋螺旋的不足，在数学上呈1：1，即分子整体右旋一圈来补双螺旋上的一圈不足。正