地黄核苷二磷酸激酶基因的克隆及生物信息学分析Cloningand.pdfVIP

DOI:10.11931/guihaia.gxzw201901005 地黄核苷二磷酸激酶基因的克隆及生物信息学分析 李冰怡，李谦谦，宫世萌，李娇娇，郑雪，段红英 （河南师范大学生命科学学院，河南 新乡 453000） 摘要：核苷二磷酸激酶是一种高度保守的多功能蛋白，具有催化底物磷酸化的作用，能够参 与植物的生长发育、非生物胁迫、感病应激、光合作用和能量代谢等过程。为了解地黄核苷 二磷酸激酶基因RgNDPKⅠ的结构、功能和性质，本研究利用地黄转录组学数据，通过电子克 隆的方法获得了RgNDPKⅠ基因的全长cDNA 序列，长度为 765 bp。生物信息学分析结果表 明，RgNDPKⅠ基因的开放阅读框长度为447 bp，编码148个氨基酸，具有典型的核苷二磷酸 激酶活性结构域和其他磷酸化活性位点。RgNDPKⅠ基因编码的蛋白质定位于细胞质，是无跨 膜区域的亲水性蛋白，该蛋白质与芝麻、紫花风铃的核苷二磷酸激酶相似性较高，分别为97% 和 96%。目前在多种生物中已经克隆得到了核苷二磷酸激酶基因，而且不同植物核苷二磷酸 激酶氨基酸序列中存在多个相似的保守结构域，推测RgNDPKⅠ基因所编码的蛋白质为核苷二 磷酸激酶超家族成员。本研究为进一步探明RgNDPKⅠ的性质、结构、功能及表达机制提供了 重要的理论依据。 关键词：地黄，核苷二磷酸激酶，电子克隆，生物信息学 中图分类号：Q943 文献标识码：A Cloning and bioinformatics analysis of nucleoside diphosphate kinase gene from Rehmannia glutinosa LI Bingyi, LI Qianqian, GONG Shimeng, LI Jiaojiao, ZHENG Xue, DUAN Hongying* (College of Life science, Henan normal university, 453000, Henan, Xinxiang) Abstract: Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) is a highly conserved multifunctional protein, can catalyze substrate phosphorylation and participate in many metabolic processes, such as plant growth and development, abiotic stress, susceptible stress, photosynthesis and energy metabolism. In order to understand the structure, function and character of RgNDPKⅠ, full length cDNA of RgNDPKⅠ was obtained by silico cloning from the transcriptome data of Rehmannia glutinosa . The length of RgNDPKⅠ was 765 bp. According to bioinformatics analysis, with an open reading frame of 447 bp, RgNDPKⅠ encodes 148 amino acids, and has typical nucleoside diphosphate kinase 基金项目：国家自然科学基金31500262 ）；河南省高校科技创新人才支持计划项目（17HASTIT034） [Supported by the National Natur al Science Foundation of China ; Scientific and Technological Innovation Talent Program of College and University in Henan ( 17HASTIT034)] 。 作者简介：