工业蛋白质构效关系的计算生物学解析.pdf

生 物 工 程 学 报 陈琦 等/工业蛋白质构效关系的计算生物学解析 1829 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn Oct. 25, 2019, 35(10): 1829−1842 DOI: 10.13345/j.cjb.190329 ©2019 Chin J Biotech, All rights reserved ·工业蛋白科学· 许建和 教授、博士生导师，华东理工大学长江学者特聘教授。2006–2017 年担 任生物反应器工程国家重点实验室主任，现任上海生物制造产业技术协同创新中 心主任。长期从事生物催化、酶工程及合成生物技术研究。在Proc Natl Acad Sci USA、Angew Chem 、ACS Catal 、Metab Eng 、Biotech Bioeng 等期刊发表 SCI 论 文300 余篇。授权中国发明专利 50 项、美国发明专利 1 项。国际期刊Bioresources and Bioprocessing 主编。荣获全国优秀教师、谈家桢生命科学创新奖、杜邦杰能 科中国酶工程杰出贡献奖、2018 年上海市技术发明一等奖 ( 第一完成人) 。 工业蛋白质构效关系的计算生物学解析 陈琦，李春秀，郑高伟，郁惠蕾，许建和 华东理工大学 生物工程学院，上海 200237 陈琦, 李春秀, 郑高伟, 等. 工业蛋白质构效关系的计算生物学解析. 生物工程学报, 2019, 35(10): 1829–1842. Chen Q, Li CX, Zheng GW, et al. Computational analysis of structure-activity relationship of industrial enzymes. Chin J Biotech, 2019, 35(10): 1829–1842. 摘 要: 工业催化用酶已经成为现代生物制造技术的核心“ 芯片” 。不断设计和研发新型高效的酶催化剂是发展工 业生物技术的关键。工业催化剂创新设计的科学基础是对酶与底物的相互作用、结构与功能关系及其调控机制的 深入剖析。随着生物信息学和智能计算技术的发展，可以通过计算的方法解析酶的催化反应机理，进而对其结构 的特定区域进行理性重构，实现酶催化性能的定向设计与改造，促进其工业应用。聚焦工业酶结构-功能关系解 析的计算模拟和理性设计，已成为工业酶高效创制改造不可或缺的关键技术。本文就各种计算方法和设计策略以 及未来发展趋势进行简要介绍和讨论。 关键词: 工业蛋白质，酶，结构-功能关系，分子模拟，理性设计 Received: July 23, 2019; Accepted: September 16, 2019 Supported by: Natural Science Foundation of Shanghai China (No. 19ZR1472900), National Natural Science Foundation of China (Nos. . Corresponding author: Jianhe Xu. Tel/Fax: +86-21 E-mail: jianhexu@ 上海市自然科学基金 (No. 19ZR1472900) ，国家自然科学基金 (Nos. 资助。 1830 ISSN 1000-3061 CN 11-1998/Q 生物工程学报 Chin J Biotech Computational analysis of structure-activity relationship of industrial enzymes Qi Chen, Chunxiu Li, Gaowei Zheng, Huilei Yu, and Jianhe Xu Scho