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* 如何 Access PDB记录? * 如何 Access PDB记录? Download PDB file View PDB file Structure view options * 如何 Access PDB记录? * 如何 Access PDB记录? * 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 * Questions: 下列数据库分别是什么类型的数据库? GenBank, PIR, DDBJ, SWISS-PROT, PDB, EMBL, TrEMBL, * * * * 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 * GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 三大基因数据库之间的关系 * / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ * 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； * * 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 * * 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 * * / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ * GenBank/ * * * * * 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 * 蛋白质数据库 * 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， * 60年代“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)雏形产生 1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。 1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库JIPID和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心MIPS合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。 * 除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。 该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。 * PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。 蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。 * SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； SWISS-PROT的网址： /sprot * * PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点；