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- 2020-01-14 发布于河北
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实验一 生物信息学数据库浏览与数据库检索
实验原理:
生物信息学数据库是一切生物信息分析的基础,目前,国际上已经形成了数以百计的生物信息数据库,在各种生物信息学数据库中,最为重要的还是收集DNA序列的核酸序列数据库:EMBL数据库(http://www.ebi.ac.uk), GenBank数据库()和DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 数据库(http://www.ddbj.nig.ac.jp)。
数据库分为一级数据库和二级数据库。
数据库检索系统中较为著名的也是常用的是NCBI开发的Entrez系统。
实验目的与要求:
通过浏览和检索常用的核酸基本数据库,熟悉三大著名的核酸公共数据库及数据库格式,了解其包含的具体内容,并能够在不同数据格式之间进行熟练转换;熟练掌握数据库检索的各种方法。
要求学生通过浏览生物信息学重要的数据库,了解数据库的格式及数据格式
通过检索掌握数据库检索工具的使用、方法及技巧
掌握数据库资源的检索方法
实验材料:
(1)实验基因
SOD 基因
Glycoside Hydrolase基因
(2)数据库
GenBank ()
EMBL (www.ebi.ac.uk)
Cazy()
NAR(/)
工具软件:
Entrez ( )
实验内容:
一、利用数据库检索的工具Entrez在初级数据库GENBANK或EMBL检索有
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