欧氏距离类间距离——最短距离.pptxVIP

下载本文档

5
0
约1.32千字
约 70页
2020-02-12 发布于上海
举报
版权申诉

欧氏距离类间距离——最短距离.pptx

1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次，网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档

Analysis of microarray data;Outline;Introduction;Biological Question;应用;应用：以人类疾病为例;s1 s2 s3? ? ? ? ? ? ? ? sj ? ? ? ? ? sM;Databases-三大基因表达数据库;Databases-三大基因表达数据库;Databases-三大基因表达数据库;数据预处理;Detection of differentially expressed genes;软件-SAM;Clustering;Clustering三要素;聚类算法;Clustering软件-Cluster;;层次聚类法的基本步骤;;层次聚类法举例;步骤 1 5个物种各自构成1类，得到5类，有：初始分类G (1)={X(i)}(i=1, 2, 3, 4, 5) 初始类别数目m=5 初始类间距离矩阵D(1);;步骤3 由D(2)知，合并X(3)和X(4)为一新类C(3)={X(3), X(4)}，有：新的G (3)={ X(5) , C(4) , C(3)} 新的类别数目m=3 新的类间距离矩阵D(3);步骤4 由D(3)知，合并X(5)和C(3)为一新类C(2)={X(5), C(3)}，有：新的G (4)={C(4) , C(2)} 新的类别数目m=2 新的类间距离矩阵D(4);步骤5 由D(4)知，最后合并C(4)和C(2)为一新类C(1)={C(4), C(2)}，有：新的G (5)={C(4) , C(2)} 新的类别数目m=1 新的类间距离矩阵D(5);; 影响聚类结果的主要因素样本间距离的定义dij 类间距离的定义Dij ;层次聚类linkage方法;centroid linkage 几何中心距离;single linkage 最短距离;complete linkage 最长距离;average linkage 类平均距离;类别数目的确定;层次聚类结果的可视化-TreeView;非层次聚类;例;Microarray数据模式分类;;模式分类算法;Principal component analysis (PCA, 主成分分析);PCA 数学基础：统计和线性代数;PCA 数学基础：统计和线性代数;PCA 数学基础：统计和线性代数;PCA 数学基础：统计和线性代数;PCA:举例说明;PCA软件;Pathway and Ontology analysis;BiNGO: Gene Ontology analysis of gene cluster;;“Survival” analysis;Survival analysis;Survival curve estimates: Kaplan-Meier;Survival curve estimating;Survival curve estimating;Survival curve estimating;Survival curve estimating;Comparison of survival curves;Survival analysis using R