5系统发生分析.pptxVIP

生物信息学 Bioinformatics;;Species Phylogeny;Global Phylogeny of Fully Sequenced Organisms;生物学家：We have a dream…;梦想走进现实：How?;比较形态学证据 (Comparative morphology); 普适性 由4种核酸组成 ? 分子水平的进化表现为：DNA序列的演化、氨基酸序列演化、蛋白质结构的演化 可比较性 比较不同物种的有关DNA序列 ? 建立DNA序列的演化模型、氨基酸序列的演化模型（数学模型） 蛋白质结构的演化模型 （形态、性状的演化模型？） 基因组编码信息的丰富 与形态、性状包含的信息相比，基因组序列包含更多、更复杂的信息结构;;基因突变;;从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life; 物种分类 大分子功能与结构的分析：同一家族的大分子，具有相似的三级结构及生化功能，通过序列同源性分析，构建系统发育树，进行相关分析；功能预测 进化速率分析：例如，HIV的高突变性；哪些位点易发生突变？;Tsar Nicholas II Establishing the identity of Anna Anderson Manahan;Contents;第一节 基本概念; 系统发生树: 物种(遗传特征)之间的关系; 进化树: 从低等到高等, 有始有终; 经典系统发生学 主要是物理或表型特征 如生物体的大小、颜色、触角个数 即通过表型比较来推断生物体的基因型(genotype),研究物种之间的进化关系. 有时候亲缘关系远的物种也能进化出相似的表型,所谓的趋同进化(convergent evolution).所以表型为依据的进化分析有时候并不正确. 如是否有眼睛?;现代系统发生学 利用从遗传物质中提取的信息作为物种特征 具体地说就是核酸序列或蛋白质分子 ; 根据现有生物基因或物种多样性重建生物的进化史是一个非常重要的问题。根据核酸和蛋白质的序列信息，可以推断物种之间的系统发生关系. 基本原理: 从一条序列变为另一条序列所需要的变换越多,两条序列的相关性就越小,从共同祖先分歧的时间越早，进化距离越大；反之，两个序列越相似，它们之间的进化距离可能越小.; 所有的生物都可以追溯到共同的祖先,生物的产生和分化就象数一样地生长, 分叉, 以树的形式来表示生物之间的进化关系是非常自然的事. ;系统发生树是一种二叉树(每个节点最多有两个子节点), 由一系列的节点(nodes)和分支(branches)组成, 每个节点代表一个分类单元(物种或序列), 节点之间的连线表示物种之间的进化关系。枝长branch length 通常代表在该分枝中曾发生过的变化数。 ;系统树可以是有根的rooted 也可以是无根的(unrooted). 在有根树中存在一个被称为根特殊节点由此导向任何别的节点都只有唯一图. 每一途径中的方向与进化时间相对应.而根则是所有正被研究的的共同祖先. 无根树是一种只将各间的关系具体化而未定义进化途径的树图. ; 系统发生树性质： （1）如果是一棵有根树，则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都有联系的分类单元； （2）如果找不到可以作为树根的单元，则系统发生树是无根树； （3）从根节点出发到任何一个节点的路径指明进化时间或者进化距离。;直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的.;;;思考: 用于分子进化的序列必须是直系 or 旁系同源才能真实反映进化过程? ;;Rooted by outgroup;; 考察类群数为 m ( m ? 3 )的系统树，其可能的拓扑结构数目为：;分支数目：;无根树和有根树：潜在的数目; 物种树： 代表一个物种或群体进化历史的系统发育树 两个物种分歧的时间：两个物种发生生殖隔离的时间 基因树： 由来自各个物种的一个基因构建的系统发育树（不完全等同于物种树），表示基因分离的时间。;期望树： 一个用无限长的序列或每一分支的期望替代数构建的树;构建系统发育树的数据 1、特征数据(character data)： 提供了基因、个体、群体或物种的信息 2、距离数据(distance data)或相似性数据(similarity data)： 涉及的则是成对基因、