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《生物信息学》作业题目（郝柏林） 试估计地球上出现智人以来，人们所讲过的“字”的总和不超过10的多少次方？ 试计算10μg大肠杆菌基因组DNA样品中包含多少个DNA大分子？已知1个E. coli. 基因组DNA=4.64×106bp，1bp?650 dalton（分子量）；1molH原子=NA个H原子=1g，NA =6×1023。 正态分布下， 1-4个标准差（?）范围所覆盖的(即?±1~4?）概率分别为多少？ 假设赌场的骰子中99%是好的，即P(Dfair)=99/100，1%是做过手脚的，即P(Dload)=1/100，如果使用的是做过手脚的骰子，则出6点的概率为1/2。问：（1）在投骰子时连续出了3个6点，你有多大把握说所用的骰子是做过手脚的？（2）如果你要用99%的把握说骰子是做过手脚的，则在投骰子时需要连续出多少个6点？ 某一序列为gtgcaatcagactgataattgccacgatcag（L=31），问该序列是否为CpG island？已知下列转移矩阵： P??(+) a+ c+ g+ t+ a+ 0.180 0.274 0.426 0.120 c+ 0.171 0.367 0.274 0.188 g+ 0.161 0.339 0.375 0.125 t+ 0.079 0.355 0.384 0.182 P??(-) a- c- g- t- a- 0.300 0.205 0.285 0.210 c- 0.322 0.298 0.078 0.302 g- 0.248 0.246 0.298 0.228 t- 0.177 0.239 0.292 0.292 从地点A到地点B有多条路线，每条路线都要收取（或得到）一定的过路费（如图）： 1 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 2 2 2 1 A B 试问从地点A到地点B的哪条路线得钱最多？ 请分别用动态规划法（dynamic programming）Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法对下列两条蛋白质序列进行联配，并写出联配方案： P1=HEAGAWGHEE, P2=PAWHEAE 其中替换矩阵选用BLOSUM50（女生）和BLOSUM62（男生）（见下表，其中括号中的数字属于BLOSUM62），空位（gap）罚分设定为8（女生）和9（男生）。 A E G H P W A 5（4） -1 0 -2 -1 -3 E 6（5） -3（-2） 0 -1 -3 G 8（6） -2 -2 -3（-2） H 10（8） -2 -3（-2） P 10（7） -4 W 15（11） 题1： 可以认为每人平均每秒钟讲的字不超过1个，另智人出现在4?105年前，从有智人以来到现在的世界平均人口不会超过4?109人（以目前世界人口80亿计，人口增长为指数增长），每年365天总计3.2?107秒，由此可以粗略地估计出地球上出现智人以来，人们所讲过的“字”的总和不超过10的22次方（即4?105?4?109?3.2?107=5?1022）。 题2： 根据题意可以计算得到1bp?650 Dalton=650?106/(6×1023)=1.08?10-15μg， 1个E. coli. 基因组DNA=4.64×106bp?4.64×106?1.08?10-15μg=5.01?10-9μg，则10μg大肠杆菌基因组DNA样品中包含10/（5.01?10-9）?2.0?109个DNA大分子。 题3： ?±1~4?所覆盖的概率分别为：0.6826、0.9545、0.9973和1.0000。 题4： 首先算出连续出3个6点的概率P（6?3）： P（6?3）=P(6?3, Dfair)+ P(6?3, Dload)=P(6?3|Dfair) P(Dfair)+ P(6?3|Dload) P(Dload)=(1/6)3?（99/100)+（1/2）3?（1/100）=5.83?10-3 则在这种情况下骰子是被做过手脚的概率P(Dload|6?3)为： P(Dload|6?3)=(P(6?3|Dload) P(Dload))/ P（6?3）=（1/2）3?（1/100）/5.83?10-3=0.2144 （2）假设在投骰子时连续出n个6点才有99%的把握说骰子是做过手脚的,即P(Dload|6?n)=0.99，则 P(Dload|6?n)= (P(6?n|Dload) P(Dload))/ P（6?n）= (P(6?n|Dload) P(Dload))/(P(6?n|Dfair) P(Dfair)+ P(6?n|Dload) P(Dload))= （1/2）n?（1/100）/((1/6)n?（99/100)+（1/2）n?（1/100））=(1/2n)/(1/2n