《生物信息学》1概论.pptx

生物信息学概论课程设置9–16周每周一 3-4节 1号楼C204每周三 3-4节 1号楼C405中文授课 Slides in English/Chinese理论 + 实际操作演示Reference books (Q811…)相关知识背景Biology (Biochemistry, Molecule Biology, Cell Biology)Computer ScienceInformatics ScienceMathematicsPhysicsChemistrySystem Science…课程内容概论DNA、RNA和蛋白质序列信息资源序列比对与数据库检索分子系统发生分析基因组学与基因预测蛋白质结构分析与预测基因芯片和数据分析Perl语言在生物信息学中的应用学科目标培养具有学科交叉知识的复合型人才为生物学工作者提供生物信息学工具的使用方法为信息科学、计算机科学、数学领域工作者提供新的研究对象为生物学工作者增加新的研究问题的思维方式与方法考核办法什么是生物信息学（bioinformatics）生物信息学是一门新兴的交叉学科。它是在计算机和网络大发展、各种生物数据库迅猛增长的形势下，研究如何组织实验数据、并从数据中提取生物学知识而发展起来的一门新学科。什么是生物信息学NIH Definition of Bioinformatics: Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data.NIH对生物信息学的定义：为扩展对于生物、医学、行为或健康数据的使用，对于计算工具和方法的研究、开发和应用，包括获得、储存、管理、存档、分析或显现这些数据。生物信息学是融合了生物学、计算机科学以及信息技术的一个交叉学科，其最终目的是发现新的生物学观点以及从生物学中得到普适性原理。Why is bioinformatics important?生物学的发展，使人们形成一个基本的共识：生命运动形态中的信息与支撑信息运动的物质（即生物大分子）的生化过程与物理作用对理解生命的本质是极其重要的，这里可能集中了生命的基本奥秘。Bioinformatics可以帮助揭示(与生物大分子结构与功能、生化途径、疾病发生以及进化相关的）生物学问题所内含的基本机制。生命的基本特征是以遗传作为维系纽带的个体发育与种群进化的世代递进。支配和联接这些基本特征的要素则是遗传信息，它将漫长的进化过程完整地记录在DNA序列的信息文库之中，以后再通过信息中心法则在不同水平上调控与表达的交互作用中展开生命的历程。生物学发展面临的机遇和挑战(1) 海量的实验数据生物学发展面临的机遇和挑战(2) 人类社会面临的重大问题和挑战生物学发展面临的机遇和挑战(3) 复杂疾病对生物科学的挑战生物学发展面临的机遇和挑战(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统生物学发展面临的机遇和挑战(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统生物学发展面临的机遇和挑战半乳糖代谢通路研究整合转录组和蛋白质组实验数据后获得的精细功能图谱(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统生物学发展面临的机遇和挑战1) 定性描述—→ 定量研究；2) 从分析走向综合；3) 实验研究和理论研究结合。(5) 科学研究的方式发生变化生物学发展面临的机遇和挑战(5) 科学研究的方式发生变化生物信息学与计算机科学的关系生物信息学的基本定位：从生物学来，到生物学去。应用数学、物理学、信息学等多学科交叉知识研究生物的基础科学问题。思考题什么是生物信息学，它与生物学和计算机科学之间有着怎样的联系？简述NCBI网站的功能。nidvdhomework@生物信息学中的计算机知识生物信息学自诞生之日起，计算机似乎就注定要成为其核心工具。飞速发展的电子计算机技术仍然赶不上生物学科海量信息的快速积累的脚步，光计算机，量子计算机和生物计算机学科成为计算机技术新的发展方向。互联网汇总着人类的文明，并成为人们生活的主题。计算机几乎应用在所有学科上，尤其是研究生物大分子的分子生物学和以量化生物为目的的生物信息学。计算机硬件计算机网络系统环境数据库技术计算机语言计算机硬件的发展CPU：体系架构、主频、摩尔定律、多线程、多核心…内存：容量、运行频率、多通道…显卡：运行频率、位宽、架构、功率…内置存储（硬盘）：介质、容量、接口…外置存储：软盘、光盘、优盘、蓝光光盘计算机网络国际互联