《生物信息学》11结构分析与预测.ppt

1. 蛋白质的结构与功能 2. 蛋白质结构的数据库、结构分类以及分子图形学 3. 蛋白质结构预测 二级结构预测 三级结构预测 4. 结构生物学 核磁共振波谱学 X－射线晶体学 低温电镜技术 蛋白质的结构 – 主要由一级序列所决定 蛋白质的功能 – 主要由三级结构所决定 球蛋白 (Globular proteins): 疏水的内核 亲水的表面 膜蛋白 (Membrane proteins): 特定的疏水表面 亚稳态 (marginally stable): 折叠之后的蛋白质 无序性 (Intrinsically disordered): 许多蛋白质必须与其他蛋白质结合后才能够获得稳定的结构 因此，预测蛋白质的结构和功能非常的困难 The primary structure refers to amino acid linear sequence of the polypeptide chain. 蛋白质的一级结构指在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。 Atomic compositions：C, H, N, O, P, S 一个氨基酸的α羧基和另一个氨基酸的α氨基连接起来成为酰氨键，通常称为肽键 主要化学键：肽键。键长为0.132nm。这个键长介于单键C-N（0.149nm）和双键C＝N（0.127nm）之间，具有部分双键的性质。 1. 蛋白质中最多的二级结构 2. 平均长度：10个氨基酸残基 (10 ?) 长度范围：5-40aa 每一圈：3.6个aa 通过氢键 (~per 4aa) 稳定结构 通常在内核的表面，疏水残基向内，亲水残基向外 Ala, Glu, Leu, Met：出现频率高 Pro, Gly Tyr, Ser：出现频率低 1. 一般不单独出现，成对或多个出现 2. ?链通过氢键连接，稳定结构 3. 相互作用的部分通过短的/长的loop连接 4. 平行或反平行的?-sheet 1. 连接?-helix和b-sheet 2. 长度和三级结构不定 3. 在蛋白质结构的表面 4. 受点突变的影响小 5. 柔性好，构象变化余地大 6. 带电荷、极性的氨基酸比例高 7. 倾向成为活性位点 1. helix-turn-helix: e.g., DNA binding 2. helix-loop-helix: e.g., Calcium binding ?3. bb : 2 adjacent antiparallel strands connected by short loop 4. Greek key: 4 adjacent antiparallel strands 5. b?b: 2 parallel strands connected by helix (1) a Domains: a螺旋束通过loops连接 (2) ? Domains: 主要是反平行?片，两对?片形成sandwich结构 (3) a???Domains: a螺旋连接的平行的?片 (4) a???Domains：a螺旋和?片各自形成单独的结构 (5) Multidomain (a? ? ??) ：包含多种domains (6) Membrane cell-surface proteins 三级结构 整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。 二级结构在空间上的排布 主要化学键：疏水键、离子键、氢键和 Van der Waals等 四级结构 蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。 有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链，每一条多肽链都有完整的三级结构，称为蛋白质的亚基 (subunit) 亚基之间的结合主要是氢键和离子键。 1. 蛋白质结构的数据库：PDB, MMDB, MSD 2. 蛋白质结构的分类：SCOP, CATH, DALI/FSSP 3. 分子图形学：pymol，discovery studio，Cn3D， Rasmol/Raswin 1.PDB (Protein Data Bank): 蛋白质结构数据库 /pdb/home/home.do 2. MMDB (Molecular Modeling Database): 分子模拟数据库 /sites/entrez?db=structure 3. MSD (Molecular Structure Database): 大分子的相互作用和结合位点 http://www.ebi.ac.uk/msd 1. SCOP (Structural Classification of Proteins)：folds, superfamilies, and families http://scop.