《生物信息学》7分子进化分析.pptx

分子进化分析俞 海1859年英国生物学家达尔文发表《物种起源》，第一次用大量事实和系统的理论论证了生物进化的普遍规律。大规模的测序给进化研究带来了丰富的资源，使进化研究不仅能够基于宏观的表型，更能利用微观的分子结构，进化进入了分子进化阶段！随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。一场进化革命即将爆发！序列比对与进化分析GAATCGAGTT共同的祖先GA(A/G)T(C/T)有根树和无根树序列A序列B序列C序列D序列A序列C序列B序列DRootedUnrooted序列A序列C序列B序列D序列A序列C序列B序列D序列A序列C序列B序列D穷举一组序列的进化树序列C序列A序列数目有根树无根树3314153510515710395954152134580467678757905853580625序列B序列D序列B序列A序列C序列D序列C序列A序列D序列B进化分析的步骤中度相似低度相似高度相似最大简约法距离法最大近似法验证进化预测与原始数据的匹配程度最大简约法区分有义列和无义列Taxa1234123456789AAGAGTGCAAGCCGTGCGAGATATCCAAGAGATCCG列出所有的无根树序列1序列1序列1序列3序列2序列2乙树序列4序列2序列3序列3序列4序列4甲树丙树最大简约法Taxa1234123456789AAGAGTGCAAGCCGTGCGAGATATCCAAGAGATCCG对位点5的分析AAG序列2G序列2A序列3序列1 G序列1 G序列1 GGA乙树序列4 A序列2 G序列3 AA序列3A序列4A序列4AA甲树丙树最大简约法Taxa1234123456789AAGAGTGCAAGCCGTGCGAGATATCCAAGAGATCCG对位点7的分析CCG序列2G序列2C序列3序列1 G序列1 G序列1 GGC乙树序列4 C序列2 G序列3 CC序列3C序列4C序列4CC甲树丙树最大简约法Taxa1234123456789AAGAGTGCAAGCCGTGCGAGATATCCAAGAGATCCG对位点9的分析AGG序列2A序列3G序列2序列1 A序列1 A序列1 AAA乙树序列4 G序列3 A序列2 GG序列4G序列4A序列3AA甲树丙树最大简约法选择进化树中变化最少的作为候选进化树位点5位点7位点9总计甲1124乙2215丙2226最大简约法 序列3序列1 序列4序列2 距离法序列ABCDACGCGTTGGGCGATGGCAACACGCGTTGGGCGACGGTAATACGCATTGAATGATGATAATACACATTGAGTGATAATAAT距离分布表ABCDA378B67C3D124AC21DB距离法计算方法：Fitch and Margoliash Method (FM)Neighbor-joining Method (NJ)The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA)Fitch and Margoliash Methoda+b=22a+c=39b+c=41a=10, b=12, c=29 Fitch and Margoliash Methodd+e=10d+x=32.7e+x=34.7Dd=4, e=6 dxABCeEFitch and Margoliash Methodf+(d+e)/2+c=19f+(d+e)/2+y=41c+y=40ABDydf=5, c=9 fceECFitch and Margoliash MethodABCDEA22119/3B125/3CDEBA(f+(d+e)/2+c)/2+g+a=119/3(f+(d+e)/2+c)/2+g+b=125/3a+b=22bagDdfa=10,b=12,g=20 ceECNeighbor-joining Method优选原则：各树枝的平均距离总和最短AB+AC+AD+AE+BC+BD+BE+CD+CE+DE=314=a+b+a+c+a+d+a+e+b+c+b+d+b+e+c+d+c+e+d+e=4a+4b+4c+4d+4ea,b,c,d,e五个分枝总和平均长度为S=314/4a+b+c+d+eNeighbor-joining MethodDCdcEAB+AC+AD+AE+BC+BD+BE+CD+CE+DEef=a+b+(a+f+c)+(a+f+d)+(a+f+e)+(b+f+c)+(b+f+d)+(b+f+e)+(c+d)+(c+e)+(d+e)=6f+4a+4b+4c+4d+4e 6f+4a+4b+4c+4d+4e=314bBa平均长度SAB=(314+2AB+CD+CE+DE)/6=67.7A假设一Neighbor-joini