宏基因组上机操作手册电子教案.docVIP

宏基因组上机操作手册 目录 TOC \o 1-3 \h \u 14057 0. 准备工作 2 28935 1. 宏基因组比对 2 1984 2. 宏基因组组装 3 10822 2.1 组装软件：SOAPdenovo 3 11473 2.2 组装软件：Meta-Velvet 6 19536 3 基因预测 6 2082 4 构建基因集 7 0. 准备工作 上机步骤如下： mkdir ~/Metagenome #新建工作目录 cd ~/Metagenome #进入工作目录 cp -R /RealBio_Train/Metagenome/01_clean_reads ./ #拷贝数据 宏基因组比对 宏基因组的序列可以通过SOAPaligner比对软件，比对上目标基因组，从而进行物种注释或计算物种丰度。SOAPaligner需要先对目标基因组进行建库，建库命令如下： 2bwt-builder sequence file SOAPaligner用法： soap –a reads_a -b reads_b -D index.files -o PE_output -2 SE_output -m min_insert_size -x max_insert_size 其他重要参数： Option Type Content -r INT 匹配到多处时的策略： 0：不显示；1：随机显示一个；2：全部 -M INT 匹配模式：0：只允许完全匹配；1：允许一个错配； 2：允许两个错配；4：最佳匹配 -p INT 程序运行的线程个数 上机内容为： 将拷贝得到的reads比对上微生物的基因组。 上机步骤如下： cd ~/Metagenome #先进入个人目录下的工作目录 mkdir 02_alignment #新建02_alignment目录 cd 02_alignment #进入比对目录 cp /RealBio_Train/Metagenome/02_aligner/soapaligner.sh ./ #拷贝比对脚本 less test01.pm #查看比对结果 less test01.sm #查看比对结果 2. 宏基因组组装 基因组组装是指将测序仪产出的大量的DNA片段（Reads）拼接成原始的待测物种的染色体序列，可以类比为拼图游戏。本手册指导你如何使用SOAPdenovo（2.04）组装软件对鸟枪法测序数据进行组装。 2.1 组装软件：SOAPdenovo SOAPdenovo的功能是对二代测序数据进行从头组装。使用SOAPdenovo前首先要清楚的是它的组装配置文件，该文件包含以下信息： Option Content 全局配置 max_rd_len 记录输入数据的最大读长，并根据这个配置输入缓存大小。 文库配置，每个文库需要以[LIB]表明 avg_ins 记录当前文库插入片段大小。 asm_flags 用来配置流程中哪些步骤用到当前文库数据： 1，表示当前文库只在构建contig时用到； 2，表示当前文库只在构建scaffold时用到； 3，表示当前文库在构建contig与scaffold时都用到。 rank 配置构建scaffold时当前文库的使用优先级，由于单端的reads不用于构建scaffold，该文库不用设置rank参数。 q1/q2，q 配置当前文库数据路径，q1/q2用于配置双端的reads，q用于配置单端的reads 本次上机使用到的完整的配置文件内容如下： 配置文件完成后，即可开始进行组装。组装分四步骤操作。 四个步骤分别是： 1. pregraph，De Bruijn图构建。输入组装配置文件，输出图信息文件，主要参数如下： Option Type Content -s CONFIG 指定组装配置文件 -o PREFIX 指定输出文件的前缀，由用户随意设定 -p INT 指定使用的线程数目。SOAPdenovo使用了多线程技术以充分利用计算机资源，一般取运行机子的cpu核心数目即可，如你的机器是双核一个cpu的，那么可指定为2 -K INT 指定需要构建De Bruijn图的kmer大小，应根据SOAPdenovo的版本设定。如使用31mer版本，则可取kmer为31，29，27等 -d INT 指定构建完De Bruijn图后，需要对深度小于多少的kmer进行过滤，一般设置为1 2. 构建contig。输入上一步骤产生的图文件，输出contig序列文件，主要参数如下： Option Type Content -g PREFIX 输入图文件前缀，应该与上面步骤中的-o参数一致 -D INT 设定在进行构建contig时，需要对深度低于该设定参数的contig