报告分子进化分析与相关分析软件的应用.ppt

Phylip软件包的应用 1，根据你的分析数据，选择适当的程序 如，你分析的是DNA数据，就在核酸序列分析类中选择程序（dnapenny，dnapars， dnamove，dnaml，dnamlk， dnainvar，dnadist，dnacomp ）如果分析的是离散数据，如突变位点数据，就在离散字符组里面选择程序。 2.选择适当的分析方法 如你分析的是DNA数据，可以选择简约法（DNAPARS），似然法（DNAML， DNAMLK），距离法等（DNADIST）。。。 Phylip软件包的应用 3.进行分析 选择好程序后，执行，读入分析数据，选择适当的参数，进行分析，结果自动保存为outfile，outtree。 Phylip软件包的应用 Outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview Phylip软件包的应用 出发数据－已经排列好的蛋白序列。 重构算法－距离法(protdist.exe) 最大简约法(protpars.exe) 最大似然法(proml.exe) 统计分析－拨靴法(bootstrap) 实际应用（从蛋白序列推导进化树） 实际操作 Phylip软件包中的每个分析程序都是一个独立的应用程序。我们选择好了分析算法后，按一定的顺序组合使用选择的程序，就可以获得按选择的算法分析的结果（进化树）。 例子：从我们刚刚通过clustal比对获得的蛋白序 列推测进化树。 选择方法：距离法(protdist.exe)  第一步：双击执行protdist.exe,根据提示输入分析的 文件名(程序默认是infile)。 第二步：设定各个参数，执行程序，获得距 离矩阵数据输出文件outfile。 第三步：选择通过距离矩阵推测进化树的算法(fitch.exe，kotsch.exe，neighbor.exe)。 第四步：将刚获得的输出文件改名为infile，执行选择的推测算法(neighbor.exe)。设置好参数后执行程序，获得outfile和outtree两个结果输出。 获得的结果文件中，outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开。outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。 outfile outtree NJ/邻接法 任意两个节点选为相邻序列的总支长计算公式 把A、B看成一个新的复合序列，构建一个新的距离表，重复以上过程。 邻居关系法 AB组合出现3次，DE组合出现3次，CD、AC、BC组合各一次，则AB和DE各为两对关系最近的邻居。（关系最近的邻居作为邻居的次数最多），将邻居看成一个新的复合序列，重复这个过程。 UPGMA法 d=e=10/2=5 c=19/2=9.5 g=c-d=9.5-5=4.5 a=b=22/2=11 A B (CDE) A - 22 39.5 B - - 41.5 (CDE) - - - (AB) (CDE) (AB) - 40.5 (CDE) - - f1+a=f2+c=40.5/2=20.25 f1=9.25 , f2=11.75 距离矩阵的改进：将序列相似性转化为距离记分 蛋白质的正规化相似性记分 Sreal:实际的相似性记分值 Srand:背景平均记分值（随机情况下可能的记分值） Sident:该长度下相似性记分的预测值 P=0.007时Srand的值为： 其中，λ、K由打分矩阵给出 对于长度为m和n的序列的排列的预测值Sident为： Sii为匹配记分，Pi为每种氨基酸的比例，n为较短序列的长度 修正后的相似值S表示为： 一旦得到S值，就可以用1-S计算序列的距离，实际中的距离计算则用下面的式子： 最大似然法（ML） 最大似然法(maximum likelihood,ML)最早应用于系统发育分析是在对基因频率数据的分析上，后来基于分子序列的分析中也已经引入了最大似然法的分析方法。 最大似然法分析中，选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为最优树。在最大似然法的分析中，所考虑的参数并不是拓扑结构而是每个拓扑结构的枝长，并对似然率球最大值来估计枝长 。 最大似然法（ML） 最大似然法的建树