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微生物功能基因组学 1.功能基因组学 是指基于基因组序列信息，利用各种组学技术，在系统水平上将基因组序列与基因功能（包括基因网络）以及表型有机联系起来，最终揭示自然界中生物系统不同水平的功能 2. 转录组学(Transcriptomics) 3. 蛋白质组学(Proteomics) 4. 代谢物组学(Metabolomics) 5. 功能基因组学的任务和挑战 （1）阐释基因功能：进化、结构-功能关系、一对一、一对多等关系。在一个复杂的细胞调节网络中阐释每个基因的作用是一项艰难的实验任务。 (2)鉴别和阐明生命的分子机器：蛋白质很少单独工作，通常由蛋白质复合体构成的分子机器来行使功能（DNA复制，转录，翻译等）。系统鉴定生物体中的分子机器的结构组成、功能和动态变化及其与各种生物性状之间的关系等存在很大的挑战。 (3)描绘基因调控网络：人的基因数量仅是简单虫子的2-3倍，人多样复杂的细胞，组织和器官表型主要归因于其遗传调节网络的结构和复杂性。认识基因功能如何通过其巧妙组合形成的调控网络是一项巨大的挑战。 （4）代谢调控与微生物群落功能：基因组学和基因组技术使我们能将单个微生物（或亚细胞）代谢过程与复杂自然环境中生物群落功能表现联系起来。自然界中微生物的种类最多，但认识和表征不可培养的微生物是一个巨大的挑战。 （5）多学科的协作：要研究和认识生物系统全部范围的功能和行为涉及多个学科（包括非生物学科）。因此，不同研究单位的不同学科的研究人员必须紧密合作，然而形成一个庞大而有效的队伍本身就是一个挑战。 6. 微生物基因组重要事件 1995年7月，《Science》发表了第一个自由存活生物——流感嗜血杆菌全基因组序列，标志着基因组学纪元的开始。 1996年8月，第一个完成的古细菌——詹氏甲烷球菌全基因组序列在《Science》上发表。 卡尔·沃斯（Carl Woese）在1977年提出了生物分类的三域系统：细菌域、古细菌和真核生物 1996年10月，《Science》上发表了一个国际小组完成的酿酒酵母基因组的全部测定序列，标志着第一个真核生物基因基因组完全测序。酿酒酵母（12Mb） 7.微生物基因组学发展状况 (1) 、微生物基因组在疾病感染方面的研究现状 群体中菌株之间的关联与细菌毒力、宿主-细菌种类适应性等相关。 一个微生物群体中各成员的基因组在序列和结构上通常会产生很大的分化，反映了微生物突变、重组和选择的错综复杂的结果。 为流行病学研究、诊断及疫苗开发提供基础。 鼠疫杆菌，一种革兰氏阴性杆菌，引起黑死病 通过测定不同地区来源的鼠疫杆菌菌株的基因组，鉴定它们与进化树上各种不同鼠疫杆菌基因组的亲缘关系，从而确定鼠疫杆菌的传播途径。 人体微生物群研究 (2) 微生物基因组在工业与环境方面的研究现状 1）鉴定新物种 2）研究微生物种群与群落复杂性 经基因组分析可重建微生物的碳源固定和能量代谢网络，了解生态系统中微生物群落结构及在极端环境中的生存机制。 3）工程细菌的研究 光自养细菌真养产碱杆菌Ralstonia eutrophaH16 菌株可以在细胞内产生和储存大量的聚3-羟基丁酸酯（PHB）和其他高分子聚合物。这些代谢产物可以用来制造生物可降解塑料。 4）石油污染菌 嗜油菌Alcanivorax borkumensis是一种全球性的海洋微生物，可以利用石油碳氢化合物作为碳源和能源， 5）白蚁肠道菌群 小型昆虫的消化道很可能是个微生物菌群的“金矿”，有望成为改进木质或废弃物转化为生物燃料过程所需酶的来源。 6）海洋微生物 有助于解析海洋微生物多样性，塑造海洋生态系统，并帮助我们理解人类赖以生存的空气从何而来。 7）“细菌和古细菌基因组百科全书”(GEBA)计划 旨在系统性地填补细菌和古细菌进化树中的空缺位置, 力图系统性地使用进化树作为筛选测序目标的指导书 11.DNA序列的Z 曲线理论 四种碱基， 三种分布：嘌呤/嘧啶，氨基/酮基，弱氢键/强氢键 一条曲线：三周期性，三个密码子位碱基使用不均衡。 12. 微生物代谢网络、蛋白互作网络构建及药物靶标预测 代谢网络构建： A. 获取基因-蛋白-反应(Gene-Protein-Reaction) ； B. 精简GPR列表； C. 去除网络中的孤立节点； D. 计算网络拓扑结构参数，进行代谢通量分析（FBA）。 13．微生物转录组学的原理与应用 转录Transcription：是遗传信息从DNA流向RNA的过程。 即以双链DNA中的确定的一条链(模板链用于转录，编码链不用于转录)为模板，以ATP、CTP、GTP、UTP四种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。（启动子序列? 转录因子? RNAP核心酶? σ因子） 转录本Transcript:是由一条基因通过转录形成