陈玲玲 微生物功能基因组学.pptVIP

Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * Whole genome view of the chromatin interactome of miRNAome * * * Hiseq Xten 于2014年初推出，使人类基因组降至1000美元，Novaseq于2017年初推出，使人类基因组将降至一百美元级。 * * * * * * * * * * * * 需要添加一系列基因组注释过程中无法提供的生化反应以降低 dead-end 代谢物的数量：自发反应；跨膜运输反应;胞内细胞器间运输反应;交换反应。但若代谢网络模型中包含过多的运输反应,会导致很多无效循环的发生 。在基于文献挖掘添加上述反应的基本原则是:添加确实需要的生化反应 。评价一个基因组规模代谢网络模型成功与否的标准是该模型能否在给定培养条件下真实预测细胞生长 ，故模型中要包括：蛋白质合成反应;细胞壁组分合成反应;脂类合成反应;核苷酸类物质合成反应;脱氧核苷酸类物质合成反应;细胞生长和细胞维持所需 ATP 等 。 。 * * * 后2个实验数据用于网络的Validation，模拟的生长速率与实验结果进行比较。 * * * * lipoteichoic acid（脂磷壁酸）；one gram of biomass（一克的生物量）；bibliome survey：bibliome是生物文本语料库的总体 * * * * * * * * 01053 Biosynthesis of siderophore group nonribosomal peptides * 01055 Biosynthesis of vancomycin group antibiotics * Protein export * * Protein export * * * * Agrobacterium tumefaciens strain C58 The RT-PCR results of the re-annotated no-coding ORFs. 23/29 （79%）were verified. * Agrobacterium tumefaciens strain C58 The RT-PCR results of the newly predicted protein-coding genes. 15/19 （79%）were verified. 三. 微生物代谢网络、蛋白互作网络构建及药物靶标预测 * Xanthomonas oryzae pv.oryzae PXO99A metabolic network Xanthomonas oryzae pv.oryzae PXO99A PPI network 代 谢 网 络 构 建： A. 获取基因-蛋白-反应(Gene-Protein-Reaction) ； B. 精简GPR列表； C. 去除网络中的孤立节点； D. 计算网络拓扑结构参数，进行代谢通量分析（FBA）。 ? * the basic flow of the metabolic network reconstruction * For examples * Gene-Protein-reaction associations * 添加一系列基因组注释无法提供的生化反应以降低 dead-end 代谢物的数量  * 转换为数学模型 SBML toolbox COBRA toolbox matlab等等 限制性约束条件模拟网络：如FBA, Gene essentiality analysis 评估代谢网络 结合各种实验数据评估并修正代谢网络 Phenotype Mi