何正国 微生物功能基因组研究实例.pptVIP

* * * * * * * 这三个跨膜蛋白可以直接应用于建立快速特异的结核病诊断试剂，有重要的临床应用前景。 Li Y, et al He ZG*, J Proteome Res, 2010 ZIN-47.359688 ZIN-42.063995 ZIN ZIN ZIN ZIN 发现了4个潜在靶标蛋白，筛选获得了6个具有显著抑菌活性的小分子化合物，为结核病的防控提供了新思路。 课程考试 考试时间：等候教务处安排（请同学们注意浏览网上 信息） 考试范围：主要是PPT内容 考试题型：选择题，名词解释，简答题，论述题等。 感谢大家！ * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 图片来源： PDB数据库： /pdb/101/motm.do?momID=35 * Li W, et al., He ZG*. Nucleic Acids Res,2012 c-di-GMP正调控Msm的抗氧化能力 H2O2 c-di-GMP HpoR antioxidative genes 抗氧化 H2O2 c-di-GMP HpoR antioxidative genes 抗氧化 低水平c-di-GMP促进HpoR的DNA结合活性；相反地，高水平c-di-GMP抑制HpoR的DNA结合活性 HpoR LtmA LtmA clusters clusters H2O2 c-di-GMP HpoR antioxidative genes 抗氧化 一个新型的c-di-GMP受体转录因子HpoR调控分枝杆菌的抗氧化能力 Li W, et al., He ZG*. Nucleic Acids Res,2018 Receptors Biofilm formation Motility Cell cycle Virulence Activation of immune response 细菌第二信使分子 c-di-GMP 病原菌有独特的生存策略 结核分枝杆菌（引起结核病）几千年来如幽灵一般与人类相生相伴，打压不死，根除不掉 我们从PDB寻找突破口 反向对接 从PDB库中获取了包含167个人免疫蛋白的1448结构，提取得到了751个Pocket，建立了 docking library + C-di-GMP c-di-GMP与每个Pocket对接 排序 高亲和力 低亲和力 Rank Score Protein Pocket 1 -91.43 PilZ domain protein VCA0042 C-di-GMP binding pocket of VCA0042 2 -76.38 Human siderocalin protein LCN2 Siderophore binding pocket of LCN2 3 -64.52 Immune signaling protein STING C-di-GMP binding pocket of STING 筛选获得的蛋白打分排序 Flo TH et al., (2004) Lipocalin 2 (LCN2) mediates an innate immune response to bacterial infection by sequestrating iron. Nature. 432(7019):917-21. 噬铁蛋白(LCN2)螯合铁载体 Fe3+ Fe-CMBs Siderophores Fe3+ Human LCN2 Host environment Bacteria 1 2 3 4 Fe3+ 3 宿主“围剿”细菌的模型 c-di-GMP与LCN2特异性结合 ITC分析 c-di-GMP能竞争Fe-CMBs与LCN2的结合 200倍过量的铁载体也无法将LCN2结合的c-di-GMP有效竞争下来 c-di-GMP 人噬铁蛋白LCN2 Fe-CMBs Siderophores Fe3+ Human LCN2 Host environment Bacteria C-di-GMP 1 2 3 4 Fe3+ 1 2 3 ? C-di-GMP 宿主“围剿”细菌的模型 c-di-GMP与LCN2相互作用可能阻塞其抗菌活性 c-di-GMP能减弱LCN2介导的结核分枝杆菌抑制活性 c-di-GMP能完全中和LCN2介导的大肠杆菌抑菌活性 Siderophores Fe3+ Human LCN2 Host environment Bacteria C-di-GM