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微生物功能基因组学之转录组学 微生物转录组学的原理与应用 何进 hejin@mail.hzau.edu.cn 问题? 转录转录transcription 、转录本、转录本transcript 、转录组、转录组 转录转录 、转录本、转录本 、转录组、转录组 transcriptome 、转录组学、转录组学transcriptomics 、转录组学、转录组学 RNA的种类、研究方法及主要原理；的种类、研究方法及主要原理；RNA-seq的基本原理及的基本原理及 的种类、研究方法及主要原理；的种类、研究方法及主要原理； 的基本原理及的基本原理及 主要流程。主要流程。 主要流程。主要流程。 RNA-seq在微生物学研究中有哪些应用？在微生物学研究中有哪些应用？ 在微生物学研究中有哪些应用？在微生物学研究中有哪些应用？ 什么是链特异性什么是链特异性RNA-seq (ssRNA-Seq)？？ 什么是链特异性什么是链特异性 ？？ RNA-seq为什么要除去为什么要除去rRNA，如何除去，如何除去rRNA? 为什么要除去为什么要除去 ，如何除去，如何除去 什么是什么是5’-非翻译区非翻译区5’-UTR？什么是核糖开关？什么是核糖开关riboswitch？核？核 什么是什么是 非翻译区非翻译区 ？什么是核糖开关？什么是核糖开关 ？核？核 糖开关糖开关riboswitch是如何调节基因表达的？是如何调节基因表达的？ 糖开关糖开关 是如何调节基因表达的？是如何调节基因表达的？ 什么是反义什么是反义RNA (Antisense RNA，，asRNA) ？？ 什么是反义什么是反义 ，， ？？ 什么是什么是small RNA (sRNA)? 什么是什么是 什么是什么是non-coding RNA (ncRNA)? 什么是什么是 基础知识 Transcription是遗传信息从DNA流向RNA的过程。 即以双链DNA中的确定的一条链(模板链用于转录，编码链不用于转录)为模板，以ATP、 CTP、GTP、UTP四种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。 启动子序列 转录因子 RNAP核心酶 σ因子 RNAP Core Transcriptional factor σσfactor σσ (Haugen et al., Nat Rev Microbiol. 2008, 6(7):507-519. Key points: I. RNA polymerase slides along the DNA, creating an open complex as it moves. II. The template strand is used to make a complementary copy of RNA as an RNA–DNA hybrid. III. The RNA is synthesized in a 5′to 3 ′direction using ribonucleoside triphosphates as precursors. Pyrophosphate is re