二代测序服务平台的建设 - 生物通--------中国生命科学第 ….pdfVIP

二代测序服务平台的建设 何有裕 yyhe@sibs.ac.cn 上海众信生物技术有限公司 中国科学院上海生科院生物信息中心 上海生物信息技术研究中心 1×GS FLX 2 ×GA IIx 1×HiSeq 2000 2 ×SOLiD 内容  二代测序服务平台的技术问题  二代测序平台服务常见问题  二代测序服务建设 机器本身：通量、长度 长度，通量可过量 一堆数据发呆 只有常规流程结果无定制服务 定制服务的多样性：内容、算法 建议保留最原始的数据 测序的目标 好用够用原则 提供技术服务 不提供科学研究 提出科学问题 讨论解决办法和路线 在质量和经费之间平衡，采取何种技术、何种设计 测序的话，多少长度和数据量的够用 对服务平台来说变化太多，一般员工很难胜任 需要多个领域的科学顾问 需要多交流多上心、多看案例和文献 提供已有案例情况（商业行为注意保密） 采用何种物种一般没有问题 主要问题在采用何种组织和细胞 样本量少，难以获得（科考样本、ChIP样本、培养 细胞） 主要考虑和问题相关的组织 考虑是否需要可行的对照 是否可以获得比较纯的样本 有无检测办法 是否有办法增加样本量、是否可以培养扩增、是否 值得高成本强行测序 1、样本量少 2、难以提取核酸（植物的根） 3、需要获得纯的核酸 4、是否需要测序平台来承担提取任务 1、分子是否可以体外扩增 2、是否可以采用新方法新试剂盒、是否需要大量 样品累积 3、根据设计要求，采取富集或排除的办法（生物 的、物理的、化学的特性来区分） 4、根据经验来决定 1、是否需要长度长（降低复杂度）、是否需要通 量大（技术性重复） 2、是否需要保留最原始的数据 1、根据不同应用来选择 2、前述所有实验都是不能长期保存一致的，测序 仪出来的数据可长期保存，可以在生物信息分析的 新算法新方法时重新分析 建议保留最原始的数据（最好是图片） 是筛选环节还是确认环节？ 最复杂的定制分析部分，算法和软件是否合适？ 人力资源和计算资源容易耗竭 关键步骤是质控和拼接 一般建议当成筛选环节、 不同的算法对该项目是否合理、是否做比较、是否 流行 建议一个组至少需要3-5个成员，对于454一般10万 左右的服务器能够基本解决。 等时间、采用速度快的算法、升级硬件。 DNA水平的验证？RNA水平的验证？验证reads还 是contig ？ 功能验证？表型验证？ 测序平台通常不介入验证环节 是否有核酸、细胞、动物水平的验证平台 是否与这样的平台合作 这是平台服务的最终体现环节 平台通常不介入文章写作，但可一起讨论 总结  454平台容易保留原始数据  454在reads长度长的情况下，降低了分析的 复杂度，应用范围广  454在很多种应用下通量够用  Solexa技术重复多 不同分子水平测序的问题 从头测序、重测序、目标区域测序（捕获序、PCR） 宏基因组 Genomic DNA 甲基化 DNA甲基化 磷酸化、糖基化…. 转录组（de novo、resequencing ）、数字表达谱 mRNA Lnc RNA miRNA miRNA Protein 二代测序的应用 分子类型 测序类型 位置 技术手段 DNA de novo 细胞核 提取 RNA resequencing 细胞质 芯片捕获 线粒体叶绿体质粒等 PC