分子生物学Chapter 5转录机制.pptx

Chapter 5: Mechanisms of Transcription（转录机制）;RNA polymerase and the transcription cycle（RNA聚合酶和转录周期） The transcription cycle in bacteria（细菌的转录周期） Transcription in eukaryotes（真核生物的转录）;Transcription vs replication;4;5;6;7;8;9;10;11;12;细菌RNA聚合酶的?，?‘亚基与RNA聚合酶II的RPB1， RPB2是同源的 细菌RNA聚合酶的?亚基与RNA聚合酶II的RPB3， RPB11是同源的 细菌RNA聚合酶的?亚基与RNA聚合酶II的RPB6是同源的 ;14;每一个酶的形状像一只蟹爪 蟹爪的两个钳子主要是由酶的两个最大亚基组成（细菌： ?，?‘亚基，真核生物： RPB1， RPB2亚基） 酶的活性位点是由这两个亚基的一些区域共同组成的，活性位点可以结合两个Mg2+ ;16;17;转录起始;19;20;21;22;23;DNA的展开使模板链得以释放。头两个核糖核苷酸被带入活性位点，排列在模板链上，并彼此结合 然后聚合酶开始沿着模板链移动，解开聚合反应位点前方的DNA双螺旋并允许其在后面重新闭合 最初大约10个左右的核糖核苷酸的结合是一个效率相当低的过程，在这一阶段聚合酶常释放出很短的转录物（每一个都短于10个左右的核苷酸），然后重新开始合成 一旦超过10个bp,聚合酶就可以逃离启动子;25;26;延伸阶段RNA聚合酶的功能: synthesis RNA（催化RNA合成） unwinds the DNA in front, re-anneals it behind （解开前方的DNA，又使后方的DNA重新复性） dissociates the growing RNA chain （在移动的同时，逐步分开正在延长的RNA链与模板的配对） 执行校对功能 ;28;Fig 12-3-Elongation and termination;30;31;32;33;34;35;-35 element(-35 box): TTGACA -10 element(-10 box): TATAAT;37;38;39;40;41;区域4内的两个螺旋形成一个常见的DNA结合基序（motif)---螺旋-转角-螺旋（ helix-turn-helix motif） 其中一个螺旋插入到-35区域的大沟（major groove)并与该区的碱基相互作用；另一个螺旋则从大沟的顶部横过，与DNA骨架接触 -35区域仅是提供能量以确保聚合酶和启动子结合。但是-10区域在转录起始过程中有更为精细的任务 -10区域处在闭合复合体向开放复合体转变时DNA解旋区。因此与-10区域相互作用的σ因子还参与其它功能。例如：参与识别-10区域的?螺旋可以和非模板链上的碱基相互作用，以维持解旋DNA的稳定性;43;44;45;如何证明UP元件由聚合酶?亚基的羧基末端域（ ?CTD) 来识别的？ 研究思路？？学习和借鉴！！;研究论文（原始研究工作）的学习;强启动子：rrnB P1基因启动子，克隆到质粒上 88：-88到+1位之间的野生型序列（包含UP） SUB：在-59到-41位之间含有取代UP元件的无关序列 41：缺失-41位的UP元件 lacUV5: 无UP元件的lac启动子 Vector: 无启动子插入的质粒;49;50;51;52;聚合酶必须与起始核苷酸建立特异性的相互作用，严格控制其处于正确的方向，使其可以对引入的核苷三磷酸开始进行化学反应 此相互作用对于核苷酸（A）是特异的，因此只有以A开始的链才能以适于高效起始的方式固定 ;Initiation requires: The initiating NTP (usually an A) is placed in the active site The initiating ATP is held tightly in the correct orientation by extensive interactions with the holoenzyme;55;Abortive initiation: the enzyme synthesizes and releases short RNA molecules less than 10 nt. ;57;58;Hydrolytic editing （水解编辑） : the enzyme backtracks by one or more nucleotides and removes the error-containing sequence.