单倍体型分析方法及生物医学文献猪繁殖性状候选基因挖掘.docVIP

单倍体型分析方法 及生物医学文献猪繁殖性状候选基因挖掘 潘玉春 王起山 胡艳玲 张向喆 第一部分 候选基因单倍体型分析 研究背景 标记辅助选择（MAS）能够加速遗传改良。而分 子标记的鉴别与选择是一个重要问题。通常采用 两种方法：一是全基因组扫描；二是候选基因分 析 。 候选基因分析由于具有多态位点选择简单、总费 用低、统计检验效率高、操作简便、结果便于应 用等优点而成为当前主要的方法。 候选基因法存在的问题 一个候选基因往往存在多个多态位点，单独分析某一 个位点，可能得出不同的结论。此外，一个性状经常 受到多个区域的多个基因多个位点作用。 当采用合并基因型法分析的时候，导致基因型组合数 增多，因样本容量通常有限，所以试验资料常严重地 不均衡以致试验无法分析或所得结果的可靠性不足。 人们进行候选基因分析的最终目的在于将候选基因的 基因型作为保种或选择等的依据。单个位点其效应常 是较小的，依其进行保种或选种将有失偏颇。 单倍体型的概念 一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP位点。 含有较大的信息量，而且充分考虑多个位点连锁不平衡的 信息，被证明是一条便捷、有效候选基因分析方法。 单倍体型分析流程 单倍体型推断 CLARK Bayes EM 标签SNP的选择 单体域 最大熵 关联分析方法 case-control分析方法 关联分析GLM 研究问题之一： 单区域纵向性状 纵向数据性