分子对接的原理,方法与应用.pptVIP

准备蛋白质和配体 蛋白质：加电荷和溶剂化，存为pdbqs格式 配体：加电荷，定义搜索的二面角和根片段 格点对接：保留探针原子和受体之间的相互作用能 对接计算：遗传算法 评价函数：半经验的自由能计算? 范德华相互作用 氢键相互作用 静电相互作用 溶剂化作用 * AutoDock对接软件 小分子问题 起始构象对对接结果有一定影响 对接时应以代谢物的结构进行 对分子进行加电荷和加氢处理 蛋白质问题?如何选择合理的蛋白质活性位点 对接问题 搜索结合模式的正确性、对接的效率、评分的正确性 采用多个软件进行评价，减少结合模式搜索误差 定量指标，需要结合分子动力学进一步评价 * 分子对接计算的注意点 评价：打分函数 每一个对接的算术都会采用平衡了时效和精确度的简单自由能预测方法，现在的打分函数主要包括三种：基于经验的回归参数的方法；基于分子力场的方法和基于知识的方法、基于知识的打分函数 。 * 对接方法尚需解决的问题： 分子的柔性 溶剂化效应 打分函数 * * 直接揭示药物分子和靶点之间的相互作用方式。 预测小分子与靶点蛋白结合时的构象。 基于分子对接方法对化合物数据库进行虚拟筛选，用于先导化合物的发现。 预测化合物的亲和力及活性，用于先导化合物的优化。 分子对接的应用 分子对接的应用 靶 标 靶标分类 靶标结构 小分子库大小 所用方法 抑制剂活性?M 实验数据 AmpC