序列相似性概念.pptVIP

Dotplots列相似性的作图分 ★列地的后是 problem with sequence comparison 序列比较:序列比较包括从两个或多个序列中找出所有显者 区域。最主要的问题是必须首先作出定义 序列来说何为 在开始讲程序之前,让我们先了解一下它们做些什么和为什 这一节主要是关于序列比较是如何进行的 Dotplots列相似性的作图分 ★列地的后是 problem with sequence comparison 当我们比较两个序列时,总是会对显著相似的区段比较感兴 从生物学的角度如何定义 点,让我们先看看几个例子。首先从比较两 个简单序列开 ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATAI GCATGCATGCATGCATGC CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATMLATGCATGCATGCATGCAT Dotplots列相似性的作图分 ★列地的后是 problem with sequence comparison 在这里我们只是单的将两个序列并排比较,对比两个序 间的诚基,将匹配的残 区域。 更好 果这里说更好是指得到更多相匹配的碱基) ATGCATGCATGCATGCAT ATATATATATATGCATGCATGC CGATCGAICGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCAT GCAT Dotplots列相似性的作图分 ★列地的后是 problem with sequence comparison 结论是,我们不能够简单的将两个序列头尾对应的 出最 我们是否可以将插入和缺失考虑进去,以得到更 ATGCAIGCATGCATGCATATATATA ATATATGCATGCATGCATGO CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATAT-ATGCATGCATGCATGCAT Dotplots列相似性的作图分 ★列地的后是 problem with sequence comparison 这里我们用了连字号(-)米标记插入/缺失的事件。仅仅观察两 很难知道是否有插入或缺失 inde插入“ indels 基的数目:在序列比较时必须考虑“gaps”的存在,采用 gups通常可以大大增加匹配残基的数量 AT--GCAT--GCATGC--ATGCATATATI ATATAT CGATCG--ATCG--AT--CG--------ATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT