实验二-核酸及蛋白质序列的比对教学教材.pdfVIP

实 验 二 - 核 酸 及 蛋 白质 序 列 的 比 对 精品文档 实验二 核酸及蛋白质序列的比对 姓名： 班级： 序号： 指导老师： 一、实验内容 利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。 二、实验步骤 键入上次实验获得的 phyA 的核酸序列编号（ NM_100828 ），获得核酸及蛋白质序列。利用 blastx 程序寻找与 phyA 蛋白质序列相似性的序列→选择下列序列： sorghum propinquum （高 粱）； zea mays （玉米）；水稻；大豆； arabidopsis thaliana （拟南芥）；cyrtosia septentrionalis （血红肉果兰）→点击 get select sequence按钮显示序列为纯文本格式文件→分 别命名为各自的文件名保存在本地电脑上备用。 在数字基因网 /找到 dnaman及 clustalx 软件安装并进行多序列比对 及分子进化树分析。 利用 ebi 上提供多序列比对工具再作一次比对 http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ 。 选作核酸序列的比对 5、打开 ncbi 主页点击 BLAST →学习网页左侧的 BLAST FAQS 及 program guide 三、作业 1、绘制分子进化树，并标明各个物种 phyA 蛋白之间的序列相似性。 收集于网络，如有侵权请联系管理员删除 精品文档 2、根据你所学生物分类的知识，试解释该分子进化树的合理性 ①拟南芥：植物界 种子植物门 被子植物门 双子叶植物纲 十字花目 十字花科 鼠耳芥属（拟 南芥属） ②大豆：植物界 种子植物门 被子植物亚门 双子叶植物纲 豆目 蝶形花科 大豆属 ③血红肉果兰：植物界 种子植物门 被子植物亚门 百合纲 百合目 兰科 树兰亚科 肉果兰 属 ④水稻：植物界 种子植物门 被子植物亚门 单子叶植物纲 禾本目 禾本科 稻属 ⑤玉米：植物界 种子植物门 被子植物亚门 单子叶植物纲 禾本目 禾本科 玉米属 ⑥高粱：植物界 种子植物门 被子植物亚门 单子叶植物纲 禾本目 禾本科 高粱属 经过对比可得下列同源性关系 高粱 玉米 水稻 拟南芥 大 豆 血红肉果兰 与前面的同源树对比基本相似，说明软件分析结果与实际相符 3、找出一条可能的保守序列（多条蛋白共同的氨基酸序列）。 最长的保守序列： kliqpfgcllaldek 收集于网络，如有侵权请联系管理员删除