多序列比对工具-clustalX-生物在线.docx

多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍 中山大学生科院 2004年10月 内容提要 第一部分：多序列比对 ?意义、方法、算法 ? Clustal的使用 1 .Clustalx 2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软 件空朵简介 第一部分： 多序列比对及Clustal的使用 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较， 用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有BLAST. FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物 种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它 序歹?间的同源+生大小。这是理亦分析方法审最关琏的一 步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程 序包有CLUSTAL等； 多序列比对的方法 多序列比对的方法 多序列比对的方法 多序列比对的方法 多序列比对的意义 多序列比对的意义 ?用于描述一组序列之间的相似性关系， 以便了解一个基因家族的基本特征，寻 找motif,保守区域等。 ?用于描述一个同源基因之间的亲缘关系 的远近，应用到分子进化分析中。 ?其他应用，如构建profile,打分矩阵等。 ?同源性分析中常常要通过多序列比对来找 出序列之间的相互关系，和blast的局部匹 配搜索不同，多序列比对大多都是采用全 局比对的算法。这样对于米用计算机程序 的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时 的过程，特别是序列数目多，且序列长的 情况下。 基本上多序列比对可以分为1= 基本上多序列比对可以分为 1= 1 ?手工比对（辅助编辑软件如bioedit, seaview, Genedoc等） 通过辅助软件的不同颜色显示不同残基，靠分 析者的观察来改变比对的状态。 2 ?计算机程序自动比对 通过特定的算法（如同步法，渐进法等），由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。 自动多序列比对的算法 1 ■同步法 将序列两两比对时的二维动态规划矩阵 扩展到三维矩阵。即用矩阵的维数来反 映比对的序列数目。这种方法的计算量 很大，对于计算机系统的资源要求比较 高，一般只有在进行少数的较短的序列 的比对的时候才会用到这个方法。 自动多序列比对的算法 2 ?步进法 最常见的就是clustal所采用的方法。 其基本思想就是基于相似序列通常具有进 化相关性的这一假设。 Clustal的渐进比对过程 在比对过程中，先对所有的序列进行两 两比对并计算它们相似性分值，然后根据 箱似“座分信将它彳门分成若丰组，乔在每组 之间进行比对，计負相似性分值。根据相 似性分值继续分组比对，直到得到最终比 对结果。在比对过程中，相似性程度较高 的序列先进行比对而距离较远的序列添加 在后面。 多序列比对工具—clustal Clustal是一个单机版的基于渐进比对的 多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。 有应用于多种操作系统平台的版本，包括 linux版，DOS版的clustlw, clustalx等。 Clustal 简介 ? CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多 个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列 之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产 生系统进化指导树，对关系密切的序列进 行加权；然后从最紧密的两条序列开始， 逐步引入临近的序列并不断重新构建比对, 直到所有序列都被加入为止。 CLUSTAL-Alignmeni file created |] CLUSTAL-Alignmeni file created |] CLUSTAL-Alignmeni file created |] CLUSTAL-Alignmeni file created |] Clustalx的工作界面 口回冈（多序列比对模式） 口回冈 ■ ClustalX (1. 83) File Edit Ali gjunent Trees Colors Quality Help I Multiple Alignment Mode Font Size：|l 0 ▼ j InfluC-1 InfluC-2 Infl uC—Y ajaaga. t a Inf luA—Narita. In￡luA-X-31 InfluB-1 In￡luB-2 ruler INENI * ^taLIIUEMIEA ^trALIIUElHEA VGGIGRF IGGIGRFY 即肛GEF￡— VVKLGEFVNQMMV G K Y Y YQE.嚣躍KTE 一 一 一 HHKK 90 100 110 120 130... ? ■ ji L 1 一 1 :L」」—」 ■亠 一 一— 80 Fi