蛋白质序列分析与结构预测.pptxVIP

Protein Sequence Analysis and Structure Prediction;Outline;蛋白质生物学基础;20 amino acids - the building blocks;??helices;?-sheets;Coils;?-domain : 4-helix bundles;Beta-domain Up-and-down sheets and barrel;a???Domains;为什么要研究蛋白质结构？;Sequence －－ Swiss-Prot：468851 （2009.5） Structure －－ PDB：57835 （2009.5）;Experimental Methods to Detect Structures;Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Resolution: 0.15 nm Determining about 13% structures in PDB Small proteins only ( 250 residues) Need samples of high purity ;;Bioinformatics;蛋白质生物学基础;蛋白质结构数据库;PDB;MMDB;蛋白质结构可视化工具;Swiss PDBViewer;RasMol;Cn3D;蛋白质生物学基础;蛋白质序列分析的主要内容;氨基酸组成分析; Sequence Logo;理化性质分析：亲/疏水性分析;;;;;;;;;;;;;物理化学性质分析软件;http://www.expasy.ch/tools ;;;;蛋白质生物学基础;Secondary Structure Prediction Problem;Review: prediction of exon region in DNA;Secondary Structure Prediction;Chou-Fasman;The Preference of Amino Acid;Judge rule;Neural Network Methods to Predict SSE;蛋白质序列综合分析软件Anthepro;3D Structure Prediction;Tertiary Structure Prediction Methods;Using physical force( how protein folding) Ab initio method (从头计算) Using evolution information( search similarity) Homology modeling （HM, 同源建模） Fold Recognition （FR, 折叠识别） From easy to hard: HM ? FR ? Ab initio ;Homology modeling;搜索已知三级结构的同源蛋白质序列 (模板) PSI-BLAST multiple sequence alignment 选取与给定序列相似性最高的结构作为模板 将氨基酸残基替换到结构模板中对应的位置上，降低自由能;Homology modeling：Work well;SWISS-MODEL;Are there problems with SWISS-MODEL?;本课小结;思考与作业;Thank You !