棉籽组分的近红外测定建模和GWAS分析.pdfVIP

符 号 说 明 NIRS: Near infrared reflectance spectroscopy, 近红外光谱分析技术 PLS: partial least squares, 偏最小二乘 SNV: standard normal variate, 标准正态变换 GC: gas chromatography, 气相色谱 KTA: cottonseed kernel total fatty acid content, 棉仁粉总油分含量 STA: seed total fatty acid content, 棉籽总油分含量 MA: myristic acid, 肉豆蔻酸 PAM: palmitic acid, 棕榈酸 LNA: linoleic acid, 亚油酸 OLA: oleic acid, 油酸 SA: stearic acid, 硬脂酸 PR: total protein content, 总蛋白含量 SE: standard error, 标准误 SD: standard deviation, 标准差 CV: coefficient of variation, 变异系数 RMSEC: root mean square error of calibration, 校正集均方根误差 SEC: standard error of calibration, 校正集标准误差 R2cal : the coefficient of determination in calibration, 校正集决定系数 RMSECV: the root mean square error of cross-validation, 交叉检验均方根误差 SECV: the standard error of cross-validation, 交叉检验标准误差 1-VR: the coefficient of determination in cross validation, 交叉检验决定系数 RPD (SD/SECV): the ratio of performance to deviation, 交叉检验性能偏差比 c R2val : the coefficient of determination in prediction, 预测集决定系数 RMSEP: the root mean square error of prediction, 预测集均方根误差 SEP: standard error of prediction, 预测集标准误差 RPDp (SD/SEP): the ratio of performance to deviation, 预测集性能偏差比 GWAS: genome-wide association analysis, 全基因组关联分析 LD: linkage disequilibrium, 连锁不平衡 QTL: quantitative trait locus, 数量性状位点 SNP: Single Nucleotide Polymorphism, 单核苷酸多态性 GLM: general linear, 一般线性模型 MLM: mixed linear, 混合线性模型 目 录 中文摘要I 英文摘要 III 1 前言 1 1.1 近红外光谱分析技术 2 1.1.1 近红外光谱分析的原理 2 1.1.2 近红外光谱分析的主要特点 2 1.1.3 近红外光谱技术的分析流程 3 1.2 近红外光谱技术的应用 4 1.2.1 近红外光谱技术在检测分析中的应用 4 近红外光谱技术在定性分析中的应用 5 近红外光谱技术在定量分析中的应用 5 1.2.2 近红外光谱技术在棉籽组分分析中的应用 6 1.3 棉籽组分的遗传和分子标记 7 1.3.1 棉籽组分的遗传方式 7 1.3.2 棉籽组分的分子标记 8 1.4 本研究的目的意义 9 2 材料与方法 10 2.1 植物材料 10 2.2 近红外光谱采集及预处理 10 2.3 棉籽组分化学分析 11 2.4 数据处理及统计分析 11 2.5 基因分型 12 2.6 分子数据分析 12 2.7 棉籽组分的全基因组关联分析 12 3 结果