兰州大学生物信息学课件：10-自然选择和适应性进化分析-杨勇志.pptx

自然选择和适应性进化分析; 达尔文理论;进化论;进化论 共同祖先学说;进化论 共同祖先学说 自然选择学说; 达尔文理论;Negative directional (purifying/stabilizing) selection Positive directional selection Balancing (diversifying/disruptive) selection; 自然选择的类型; 序列水平的体现;Comparative genomic methods Ka/Ks Population genetic methods McDonald-Kreitman test Tajima’s D test, Fu Li’s test ; 检测方法;突变的分类;They involve three steps: Count synonymous and nonsynonymous sites. Count synonymous and nonsynonymous differences. Calculate the proportions of differences and correct for multiple hits. ;Ks并不导致蛋白氨基酸序列的改变，因此认为其在进化过程中是中性的，如果非同义变异也是中性的，那么选择对其没有影响，非同义突变在群体中固定下来的速率等于同义突变固定的速率，从而使得Ka =Ks（中性进化） 如果非同义突变是有害的，那么选择会将些突变从群体中删除，这样就会降低Ka，使得Ka Ks（负选择） 如果非同义变异是有利的，那么这些突变在长期的进化过程中会被逐渐固定下来，导致Ka升高，使得Ka Ks（正选择），此时发生的情况为适应性进化 大多数氨基酸位点都受到很强的功能限制，因此DNA序列上编码区的变异大部分是同义突变，中性理论由此引申出来的一个推论是编码区上的大多数突变是选择有害的，故编码区上的负选择（Negative Selection）将占主导地位，这也与实际观察到的蛋白编码序列较为保守，进化速率较慢的现象一致;KaKs或者Ka/Ks 1，基因受正选择(positive selection) Ka＝Ks或者Ka/Ks ＝ 1，基因中性进化(neutral evolution) KaKs或者Ka/Ks 1，基因受纯化选择(purify selection); PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; PAML：Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood; 分枝模型;昆虫的“真”社会化行为 蜜蜂、蚂蚁的生活方式是一种有组织分工的群居生活，它???内部有着明确的“专业”分工。有的专门负责击退天敌或进行捕食；有的负责筑穴或为食物进行加工；还有一些专门从事繁殖或看护下一代。它们之间能通过它们自己的语言互相联络照应。它们具备了社会生活的三大要素－组织、分工、联络。;对于社会性行为具有很长时间研究，但是社会行为的进化并未与分子水平的变化相关联起来 独立的社会性行为的进化涉及的基因的功能是否相同 蜜蜂具有不同的生活方式：从独居的到原始的社会性行为，再到高级的社会性行为。 在蜜蜂中，社会性行为的起源至少存在6次 对于蜜蜂自然生活史的研究，为我们对在拥有社会性行为的蜜蜂中研究适应性进化提供了背景。;Phylogeny of species in study based on previously published trees and EST data;Test 2: ωHighly eusocial ≠ ωPrimitively eusocial ≠ ωNon-eusocial;For test 1, we found 212 out of 3,638 genes (6%) evolving significantly more rapidly in all eusocial