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基因芯片文献综述 摘要：基因芯片技术是伴随着人类基因组计划的实施而发展起来的生命科学领域里的前沿生物技术。目前，人们对疾病的分类和诊断的水平已经有了进一步的提高，基于基因芯片的特征选择技术在其中起到了关键性的作用。经过十几年的发展，基因芯片技术也在不断完善、成熟，并广泛运用于生命科学的各个领域。本文重点介绍基因芯片技术的进展、分类、应用领域及发展前景。 关键词： 基因芯片技术背景，分类 ，应用领域，展望 1．基因芯片技术背景 1.1技术背景 20世纪80年代启动的由多个国家参加的人类基因组计划，被称为是继曼哈顿原子计划、阿波罗登月计划之后的第三大科学计划，这个计划的完成对人类认识自身，提高健康水平，推动生命科学、医学、生物技术、制药业、农业等的发展具有极其重要的意义。 随着人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)的完成以及分子生物学相关学科的迅猛发展，极大地带动了人类疾病相关基因以及病原微生物基因的定位、克隆、结构与功能研究，基因芯片(gene chip)就是在这个背景下发展起来的一项分子生物学新技术[1]。 1.2基因芯片概念 基因芯片即DNA芯片或DNA微阵列，大小如指甲盖一般，每个芯片的基而上都可以划分出数万至数百万个小区，在指定的小区内，可固定大量具有特定功能、长约20个碱基序列的核酸分子。它是把大量己知序列探针集成在同一个基片(如玻片、膜)上[2-4]，经过标记的若干靶核苷酸序列与芯片特定位点上的探针杂交，通过检测杂交信号，对生物细胞或组织中大量的基因信息进行分析。 1.3基因芯片特点 其突出特点在十高度并行性、多样性、微型化和自动化。高度的并行性不仅可以大大提高实验的进程，而且有利于DNA芯片技术所展示图谱的快速对照和阅读。多样性可以在单个芯片中同时一进行样品的多参数分析，从而避免因不同实验条件产生的误差，大大提高分析的精确性。微型化可以减少试剂用量和减小反应液体积，降低实验费用。高度自动化则可以降低制造芯片的成本和保证芯片的制造质量[5]。1995年Science杂志首次报道了Schena等人用DNA微阵列技术并行检测拟南芥多个基因的表达水平。1994年第一张商业化基因芯片由Affymetrix公司推出。 二．分类 基因芯片有不同的分类方法： ①按其片基不同可分为无机片基芯片和有机合成片基芯片； ②按其应用不同，可分为表达谱芯片、诊断芯片、检测芯片； ③按其制备方法不同可分为原位合成芯片和合成后交联芯片(合成后点样芯片)； 最常用的还是按载体上所点探针的长度分为cDNA芯片和寡核苷酸芯片两种。 1）cDNA芯片：由Schena建立，将特定的cDNA经PCR扩增后借助机械手直接点到基片上； 2)寡核苷酸芯片：由Fodor首先报道，用照相平板印刷术和固相合成技术在基片上生成寡核苷酸，分为长寡核苷酸芯片和短寡核苷酸芯片，与cDNA芯片制作的一个主要不同点是多一步转录获得cRNA的过程。几种基因芯片技术的比较见表1[6]。 表1 几种基因芯片技术的比较 基因芯片的应用 3.1应用领域 随着基因芯片技术的日渐成熟，在功能基因组、疾病基因组、系统生物学等领域中得到了广泛的应用，己经发表了上万篇研究论文，每年发表的论文呈现增长的趋势。在基础研究方面的应用基因芯片的产生为分子生物学基础研究提供了一个巨大的技术平台，从诞生以来就被广泛应用于各个方面。基因芯片应用最多的一个方面是基因表达分析。与传统方法一次只能研究某个基因的表达情况不同，利用基因芯片高通量的特性，可以在很短时间内测定不同功能状态、不同组织部位基因的差异表达，得到特异的基因表达谱，大大提高对相关基因研究的效率。基因芯片技术以一种全新、系统的科研思维方式研究生物体，使揭示早期发育、分化、衰老、癌变等一系列复杂生命现象成为可能[7-8]。 由于基因芯片(gene chip)技术具有微型化、集约化和标准化的特点，所以在分子生物学研究、生物制药领域和环境学等领域、医学临床检验包括兽医临床显示出了超凡的生命力[9]。在以功能基因为研究主体的后基因时代，利用基因的基础确定基因的功能及其在不同情况下的表达状况。传统的分子生物学的手段需要花费大量的人力物力并无法满足大多数生命现象及与多个基因有关的情况。基因芯片技术的出现使得大规模地分析基因的功能及其在各种情况下的表达状况成为可能。 3.2基因芯片检测微生物的实用性与优越性 基因芯片技术虽然脱胎于核酸杂交技术，并利用PCR技术制备检测模板，但基因芯片在许多方面是后两种技术所无法比拟的[10]。主要表现在以下几个方面： ①可实现样品的高通量检测。高密度基因芯片可同时对成千上万个样品进行检测与分析，极大地加快了实验进程，提高检测速度； ②可对大量样品进行并行检测。在模板