群体遗传学课件：1-Introduction of genome resequencing2.pdf

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2020-08-27 发布于安徽
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群体遗传学课件：1-Introduction of genome resequencing2.pdf

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Introduction of Genome Re-sequencing Outline Background Genome Re-sequencing Population genetics Trends of Human genome sequencing Trends of Plants and Animal genome sequencing Background • Sanger sequencing Background • Chip sequencing • Next generation Sequencing (NGS) time is coming… Background After Human genome … Background 2000 2002 2006 2007 2012 2008 2009 Background Animals: had been sequenced Background • Re-sequencing is coming… • Human genome • Plant / animal genome • Medical / disease research • Agriculture / Molecular breeding • Genomics / comparative genomics • Genetics / population genetics • Epigenetics • … Genome re-sequencing Re-sequencing • Re-sequencing Vs. De-novo assembly Table Differences between re-sequencing and De novo Re-sequencing De novo Motive Genetic variations New genome Method Alignment Assembly Reference Yes No Depth 10~20X 50X Library Simple Various Data quality Low High … … … Re-sequencing HELLOFRIENDSWELCOMETOBGISHENZHEN H