生物信息检的索的方法.pptVIP

生物信息学 Bioinformatics 丁乃峥 山东师范大学生命科学学院 信箱: nzding@163com QQ群:181956639 第三章生物信息学数据库资源 第一节生物信息学数据库简介 第二节生物信息学数据库查询 Pubmed Gen Bank 序列数据信息检索实例 、序列数据信息检索实例 某天,我们通过实验的方法(例如,DD-RT PCR)在进行C57小鼠不同发育阶段的mRNA差 异表达研究过程中,发现一个差异表达基因, 基因片段测序结果如下( genotype) TGCTGGAGGATCAAGAAGGGCTTTGTGCCCAACATGCAGGTTGAAGGAGTGTTTTATGTGAATGATGCTC TGGAAAAACTAATGTTTGAGGAATTAAGGAACGCCTGTCGAGGTGGTGGTGTTGGTGGCTTTCTGCCAG CATGAAGCAGATTGGCAATGTGGCAGCCCTGCCTGGAATAGTTCATCGGTCTATCGGGCTTCCTGATGTC ATTCAGGCTATGGGTTTGCCATAGGGAACATGGCTGCCTTTGATATGAATGACCCTGAGGCCGTTGTA CCCCAGGTGGTGTCGGATTTGATATTAACTGTGGTGTCCGCTTGCTAAGAACCAATTTAGATGAGAGCGA TGTACAGCCTGTGAAGGAACAACTTGCCCAAGCTATGTTTGACCACATCCCTGTTGGGGTGGGATCAAAA GGTGTCATTCCAATGAATGCCAAAGACTTGGAGGAGGCATTGGAGATGGGGGTGGACTGGTCCCTGAGGG AGGCTATGCCTGGGCTGAAGACA TAAGGTCTCACCCAGGGCAAAGAAAAGGGGCCTTCCTCAGTTGGO ATCCAGGTTGTAGATGAGATTTTCAATGAGTA AGCTATGGAAAAGGCCATGAAGAGAGACAAGATTATAGTCAATGACCGGCAGTTGGCTTGTGCTCGGATT GCATCCCCAGAGGGACAAGACTATCTAAAGGGAATGGCTGCAGCTGGAAACTACGCCTGGGTTAACCGCT 3 ■问题一:这是什么基因? 问题二:编码的蛋白质序列是怎样的? 问题三:有没有保守的功能结构域? 问题四:它的功能是怎样的? ■问题五:它在真核生物中保守吗? 问题六:有没有三级结构信息? ■问题七:和哪些蛋白有相互作用? ■问题八:不同组织中基因表达特异性是怎样的? 问题九:该基因启动子序列是什么?是否受到某些 转录因子的特异性调节? 问题十:是否受到某些小RNA的调节? 问题一:这是什么基因? http://blast.ncbinlmnihgov/blast.cqi BLAST⑨ Basic Local Algnment Search Too/ b NCBI/ BLAST Home BLAST finds regions of similarity between biological sequences. more. New DELTA-BLAST, a more sensitive protein-protein search Go BLAST Assembled Refseq Genomes Choose a species genome to search, or list all genomic BLAST databases 口 Human d Mouse D Bos taUnts 口 Pan troglodytes D anio rerio 口 Microbes D Drosophia melanogaster 日 Apis mellifera Basic BLAST Choose a BLAST program to run. nucleotide blast Algorithms: blastn, megablast, discontiguous megabit d如m下页 Algorithms. blasp, psi-blast, phi-blast, delta-blast blastx Search protein database using a translated nucleotide query blastn Search translated nucleotide database using a protein query 提交序列 From Or, upload fi 输入序列 Enter a descnp e ttle for your BLAS