序列比较和系统发育分析.pptVIP

主要内容 §5.1概述 §52序列比对 §53系统发育分析 §51引言 序列比对的概念 序列比对( align):是指通过将两个或多个核酸序 列或蛋白质序列进行比较,找出其中相似的结构区 域 两个序列的比对是指这两个序列中各个字符的一一对应 关系,或字符的对比排列。 GCATGACGAATCAG TATGACAAACAGC G CATGACGAAT CAG TATGAC-AAACAGC 序列比对的生物学意义 1通过比较未知序列与已知序列之间的同源性,往往 可以很容易地预测未知序列的功能。(功能预测) 2通过分析多个基因或蛋白质序列之间的同源性确定 它们在进化上的关系。(确定进化关系) 3通过多序列比对,帮助判断残基如何发挥作用以维 持蛋白质或DNA序列的功能。同时,通过多序列比对可 以获得重要残基周围的三级结构。(判断残基作用) 4通过蛋白质多序列比对,也有助于蛋白结构的预测 (蛋白质结构预测) 序列比对基本原理 5 在进行序列比对过程中,有两方面的问题直接影 响相似性分值:记分矩阵和空位罚分 1记分矩阵( Scoring matrix) DNA记分矩阵 BLA8T矩阵 ATcG 5 蛋白质记分矩阵 6 突变数据相似性计分矩阵PAM250 PAM矩阵 62420 Y0-3-3-5-3-7-2-4-4 0-4-4-2-1-1-2710 C S T P A G N D E