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简介安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford DeLano 编写，并且由 DeLano Scientific LLC 负责商业发行。 Pymol 被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软 件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是 使用 Pymol 来制作的。 Pymol 名字的来源：“Py”表示该软件基于 python 这个计算机语言，“Mol”则 是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需 要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自 2006 年 8 月 1 日起，DeLano Scientific 对事先编译好的 PyMOL 执行程序（包 括 beta 版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码 目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 如果你是 Windows 用户，首先下载 Pymol 的源代码。 然后安装 CygWin，并且确保正确安装以下模块： C++ (gcc or g++ package name) Python OpenGL PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装： Python Pmw OpenGL driver（我用的是 NVdia） libpng Subversion client（下载源代码需要） 然后下载 Pymol 的源代码 $ mkdir pymol-src ;2; 该界面分为 2 窗口，上面的外部 GUI 窗口（External GUI）和下面的 Viewer Window。 Viewer Window 又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则 是一个内部 GUI 窗口（Internal GUI)。Viewer 自身包含一个命令行（如图中左 下方的 PyMOL提示符），可以用来输入 Pymol 命令；在 Inernal GUI 中则可以 选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI 则包含一个标准菜单、一 个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复 制、剪切和粘贴”操作只能在 External GUI 中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、 Ctrl＋X 以及 Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部 GUI 的最重要的优点。 加载文件，有二种方法： 在 External GUI 中选择 File － Open 使用命令行： load filename 例如我们现在从 上下载了一个离子通道蛋白的 pdb 文件 （PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名 字为 2vl0.pdb，然后用 pymol 打开它： load 2vl0 ;该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图： ; 今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实 就是用 cartoon 的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。 ;6; 也许你已经注意到结构中有 2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那 么如何让 Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol label all, chains 这个命令的作用是让 Pymol 给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分 子由“链”A－E 组成，第二个则由 F－J 组成。 好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E 或者 F－J 去 掉即可： Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j 上面的东东还可以这样完成： Pymol select test, chain f+g+h+i+j Pymol hide ribbon, test 上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为 test，然后在第二句命 令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随 时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标， 并可以对其进行操作。 比如你可以： Pymol hide everything, test Pymol show cartoon, test 这样你会得到： ; 说到这里就提到了 Pymol 的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的 基本语法就是： Pymo