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脱氧核糖和磷酸的连接 方向 (5- 3’) 3)DNA结构的表示法 字母式 结构式 线条式 5’pApTpGpCOH3’ 单核苷酸5’磷酸基团向核酸链的3’-OH发动亲核攻击,形成磷酸二脂键 DNA一级结构的特征 2)特征: ●双链反向平行配对而成 ●脱氧核糖和磷酸交替连接,构成DNA骨架,碱基排在内侧 ●内侧碱基通过氢键互补形成碱基对(A:T,C:G)。 DNA的二级结构 定义:指两条多核苷酸链反向平行盘绕所产生的双螺旋结构 特征:Watson和Crick由X射线衍射结构分析提出了DNA分子双螺旋结构模型,此模型所描述的是B—DNA钠盐在一定湿度下的结构。B—DNA钠盐结构既规则又很稳定,是由两条反向平行的多核苷酸链围绕伺一中心轴构成的右手螺旋结构 The DNA double helix as proposed by Watson and Crick. 思考题: “沟的”生物学意义何在 模型要点:page 34 Page 34 多核苷酸的方向由核苷酸间的磷酸二酯键的走向决定,一条从5,另一条从3-5’。链间有螺旋型的凹槽,其中一条较浅,叫小沟;一条较深,叫大沟。两条链上的碱基以氢键相连,G与C配对,A与T配对。嘌吟和嘧啶碱基对层叠于双螺旋的内侧。顺着螺旋轴心从上向下看,可见碱基平面与纵轴垂直,且螺旋的轴心穿过氢键的中点。相邻碱基对平面之间的距离为0.34 nm,即顺中心轴方向,每隔0.34 nm有一个核苷酸,以3.4nm为一个结构重复周期。核苷酸的磷酸基团与脱氧核糖在外侧,通过磷酸二酯键相连接而构成DNA分子的骨架。脱氧核糖环平面与纵轴大致平行。双螺旋的直径为2.0nm 大沟的意义 沿螺旋轴方向观察,双螺旋的表面形成两条凹槽,一条宽而深的叫作大沟,一条狭而浅的叫作小沟,大沟对于遗传上重要功能的蛋白质识别DNA双螺旋结构上的特定信息非常重要也即是说,大沟为这些蛋白质提供了识别(识别靠的是在沟里暴露出来的氢键和离子键)的场所。而这些蛋白质往往就是参与DNA复制、转录、基因表达调控等的重要蛋白质,而且往往是参与这些过程的其实反应。属于反式作用因子。 X-ray diffraction photograph of the B form of purified DNA fibers. The top half of the figure shows computer-generated space-filling models of B-DNA, A-DNA, and Z-DNA. 特殊的左手螺旋 1979发现 DNA的高级结构DNA双螺旋进一步扭曲盘绕形成的特定空间结构,主要形式是超螺旋。 DNA双螺旋结构中,一般每转一圈有10个核苷酸对,双螺旋总处于能量最低状态。若正常DNA双螺旋额外地多转或少转几圈,使每转一圈的核苷酸数目大于或小于10,就会出现双螺旋空间结构的改变,在DNA分子中产生额外的张力 线状DNA形成的超螺旋 环状DNA形成的超螺旋 拓扑异构酶 or溴化乙锭 拓扑异构酶 or溴化乙锭 DNA扭曲与双螺 旋相同(拧紧) DNA扭曲与双螺旋相反(松开) 负超螺旋 松弛DNA 正超螺旋 In situ hybridzation of chromosomes using a fluorescent technique(FISH) shows what? 同类生物不同种属之间DNA含量变化很大: 比如同样是两栖动物,能够相差100倍 从生物由地等到高等的进化地位来看,其所需要的最少的编码DNA的含量,反应在C值上是逐步升高的。 但真实的C值并非如此,某些低等生物的C值比高等生物还要高 低等生物高等生物(逐渐进化) 生物所需要的编码DNA的最低含量(逐渐升高) 简述DNA的C值以及C值矛盾(C Value paradox). 中科院上海生化所 08 年 上海第二军医大: C值矛盾 的序列可分为3种类型 page25 单一序列(主要为基因编码序列,一个或几个拷贝,比例少于5%) 中度重复序列(101-5),分为短散的重复序列(一般少于500 bp)和长散的重复序列(一般多于1000 bp),与基因选择性表达的调控有关; 高度重复序列(105),分为卫星DNA(satellite,重复单位长5-100 bp)主要分布在着丝粒区域,小卫星DNA(minisatellte DNA, 单位长12-100 bp,拷贝数可变,常用于DNA指纹(DNA finger-printing)技术),微卫星DNA(microsatellte DNA,单位1-5 bp,常串联达50-100 bp,具有高度多态性,遗传上保守,但个体差异较大),用于构建遗传图谱。 1) DNA的变性和复性 ■变性(Denaturation) DNA双链
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