蛋白质序列分析和结构预测.pdfVIP

4.2 针对蛋白质的预测方法 4.2 针对蛋白质的预测方法 传统的生物学认为，蛋白质的序列决定了它的三维结构，也就决定了它的功能。由于用 传统的生物学认为，蛋白质的序列决定了它的三维结构，也就决定了它的功能。由于用 X 光晶体衍射和 NMR 核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质 X 光晶体衍射和 NMR 核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质 的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学 的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学 家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一 家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一 定的成果。 定的成果。 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质 根据组成蛋白质的20种氨基酸的物理和化学性质可以分析电泳等实验中的未知蛋白质， 根据组成蛋白质的20种氨基酸的物理和化学性质可以分析电泳等实验中的未知蛋白质， 也可以分析已知蛋白质的物化性质。ExPASy 工具包中提供了一系列相应程序： 也可以分析已知蛋白质的物化性质。ExPASy 工具包中提供了一系列相应程序： AACompIdent：根据氨基酸组成辨识蛋白质。这个程序需要的信息包括：氨基酸组成、 AACompIdent：根据氨基酸组成辨识蛋白质。这个程序需要的信息包括：氨基酸组成、 蛋白质的名称 (在结果中有用)、pI 和 Mw(如果已知)以及它们的估算误差、所属物种或 蛋白质的名称 (在结果中有用)、pI 和 Mw(如果已知)以及它们的估算误差、所属物种或 物种种类或 “全部 (ALL)”、标准蛋白的氨基酸组成、标准蛋白的 SWISS-PROT 编号、用 物种种类或 “全部 (ALL)”、标准蛋白的氨基酸组成、标准蛋白的 SWISS-PROT 编号、用 户的 Email 地址等，其中一些信息可以没有。这个程序在 SWISS-PROT 和 (或)TrEMBL 数 户的 Email 地址等，其中一些信息可以没有。这个程序在 SWISS-PROT 和 (或)TrEMBL 数 据库中搜索组成相似蛋白。 据库中搜索组成相似蛋白。 AACompSim：与前者类似，但比较在 SWISS-PROT 条 目之间进行。这个程序可以用于发现 AACompSim：与前者类似，但比较在 SWISS-PROT 条 目之间进行。这个程序可以用于发现 蛋白质之间较弱的相似关系。 蛋白质之间较弱的相似关系。 除了 ExPASy 中的工具外，PROPSEARCH 也提供基于氨基酸组成的蛋白质辨识功能。程序 除了 ExPASy 中的工具外，PROPSEARCH 也提供基于氨基酸组成的蛋白质辨识功能。程序 作者用 144 种不同的物化性质来分析蛋白质，包括分子量、巨大残基的含量、平均疏水 作者用 144 种不同的物化性质来分析蛋白质，包括分子量、巨大残基的含量、平均疏水 性、平均电荷等，把查询序列的这些属性构成的 “查询向量”与 SWISS-PROT 和 PIR 中 性、平均电荷等，把查询序列的这些属性构成的 “查询向量”与 SWISS-PROT 和 PIR 中 预先计算好的各个已知蛋白质的属性向量进行比较。这个工具能有效的发现同一蛋白质 预先计算好的各个已知蛋白质的属性向量进行比较。这个工具能有效的发现同一蛋白质 家族的成员。可以通过 Web 使用这个工具，用户只需输入查询序列本身。 家族的成员。可以通过 Web 使用这个工具，用户只需输入查询序列本身。 ExPASy 的网址是：http://www.expasy.ch/tools/。 ExPASy 的网址是：http://www.expasy.ch/tools/。 PROSEARCH 的网址是：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html。 PROSEARCH 的网址是：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html。 2. 预测蛋白质的物理性质 2. 预测蛋白质的物理性质 从蛋白质序列出发，可以预测出蛋白质的许多物理性质，包括等电点、分子量、酶切特 从蛋白质序列出发，可以预测出蛋白质的许多物理性质，包括等电点、分子量、酶切特 性、疏水性、电荷分布等。相关工具有： 性、疏水性、电荷分布等。相关工具有： Compute pI/MW：是ExPASy 工具包中的程序，计算蛋白质的等电点和分子量。对于碱性 Compute pI/MW：是ExPASy 工具包中的程序，计算蛋白质的等