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按用药部位分类
子座及幼虫尸体复合体:冬虫夏草
子实体:灵芝
菌核:茯苓、猪苓
全草:石杉
地上部分:贯叶金丝桃、薄荷、茵陈
含树脂的木材:沉香
树脂:血竭
树皮:红豆杉、杜仲、厚朴、肉桂、黄柏、秦皮
根:何首乌、川乌附子、白芍、防己、黄芪、人参、三七(根及根茎)、当归、柴胡、丹参、黄芩、地黄、党参、木香、麦冬、百部
茎:绵马贯众、麻黄、大黄、黄连、木通、延胡索、甘草、川芎、苍术、川贝母(鳞茎)、浙贝母(鳞茎)、半夏、莪术、干姜、天麻、石斛
叶:银杏叶、淫羊藿、大青叶、洋地黄叶
花:洋金花、金银花、山银花、红花、西红花(花的柱头)
果实:五味子、山楂、小茴香、砂仁
种子:苦杏仁、马钱子、槟榔
按纤维特征分类
菌丝:灵芝,茯苓,猪苓
团块:茯苓
草酸钙方晶:猪苓,何首乌,大黄,厚朴,白芍,淫羊藿,石细胞,防己,山楂, 甘草, 黄柏,三七,人参,小茴香,川穹,秦皮,金银花,苍术,川贝母,麦冬,半夏,天麻,石斛,木通
腺毛:绵马贯众,金银花,洋地黄叶
嵌晶纤维:麻黄, 甘草
保卫细胞:麻黄
石细胞:杜仲,厚朴, 五味子,川乌,附子,黄连,石细胞,防己,延胡索,山楂,苦杏仁, 黄芪, 黄柏,秦皮,黄芩,桔梗,苍术,丹参,麦冬,槟榔,杜仲,木通
淀粉粒:何首乌,大黄,厚朴, 五味子,肉桂,川乌,附子,白芍,防己,延胡索,山楂,苦杏仁, 黄芪, 甘草, 黄柏,三七,人参,当归,小茴香,川穹,黄芩,桔梗,川贝母,百部,半夏,砂仁,莪术,干姜
异形维管束:大黄
油细胞:厚朴,五味子,砂仁,莪术,干姜
粘液细胞:肉桂, 黄柏,麦冬
橙皮苷样结晶:大青叶
晶纤维:甘草,黄柏
棕色快:甘草
缘纹孔导管:沉香,当归,柴胡,丹参,黄芩,白芍,黄芪,防己
树脂道碎片:人参
菊糖:桔梗,苍术,木香
网纹导管:木香,丹参,黄芩,大黄,白芍,大青叶,防己
螺纹导管:川贝母,半夏,何首乌,大黄,苦杏仁,大青叶
花粉粒:洋金花
分泌细胞:地黄,红花,麦冬
多糖团块:天麻
硅质块:石斛
橡胶丝:杜仲
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